| 恩施黑猪基因组群体遗传学参数的估计与选择信号研究 |
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| 引用本文： | 吴林慧,孙琦,王荔茹,张凯丽,谢胜松,李新云,赵书红,马云龙.恩施黑猪基因组群体遗传学参数的估计与选择信号研究[J].畜牧兽医学报,2019(3):485-494. |
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| 作者姓名： | 吴林慧 孙琦 王荔茹 张凯丽 谢胜松 李新云 赵书红 马云龙 |
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| 作者单位： | 华中农业大学农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31790414;31601916);国家生猪产业技术体系项目(CARS-35);中央高校基本科研业务费专项基金(2662015QD018) |
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| 摘 要： | 旨在调查恩施黑猪基因组群体遗传学参数与选择信号。本研究利用Porcine 80K SNP芯片,通过计算亲缘系数、近交系数、连锁不平衡程度与有效群体大小等群体遗传学层面的参数评估恩施黑猪种群结构关系,运用CLR和iHS方法检测恩施黑猪基因组选择信号,并通过生物信息学分析揭示其潜在受选择基因。亲缘系数计算发现,咸丰县恩施黑猪个体间平均亲缘系数为0.12;近交系数计算表明, 16%的样本近交系数大于0.125,存在明显近交累积。此外,本研究构建了恩施黑猪全基因组连锁不平衡图谱;利用连锁不平衡信息,恩施黑猪估计历史有效群体大小呈现逐代下降趋势,其中5世代前有效群体大小约为25头。基于CLR方法共检测到126个显著选择信号候选区域,总长约为51.6 Mb,占基因组总长的2.1%。利用iHS方法,共发现248个显著选择信号候选区域,长度约为78.78 Mb,约占基因组总长的3.2%。富集分析表明,与选择信号区域重叠的LPAR2、NDUFA13、MEF2B、AHR基因分别与胴体长度(滴水损失)、精子形成、骨骼肌分化和总产仔数相关。研究表明,现存恩施黑猪群体血统较窄,近交累积严重,有效群体大小较小,并呈现继续缩小的趋势。选择信号分析揭示的一系列潜在受选择基因能够为未来恩施黑猪的遗传改良提供一定的参考依据。
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| 关 键 词： | 恩施黑猪 亲缘系数 近交系数 连锁不平衡 有效群体大小 选择信号 |
A Study of the Population Genetics Parameters and Selection Signatures in Enshi Black Pig |
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| WU Linhui,SUN Qi,WANG Liru,ZHANG Kaili,XIE Shengsong,LI Xinyun,ZHAO Shuhong,MA Yunlong.A Study of the Population Genetics Parameters and Selection Signatures in Enshi Black Pig[J].Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica,2019(3):485-494. |
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| Authors: | WU Linhui SUN Qi WANG Liru ZHANG Kaili XIE Shengsong LI Xinyun ZHAO Shuhong MA Yunlong |
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| Institution: | (Key Laboratory of Agricultural Animal Genetics,Breeding and Reproduction of the Ministry ofEducation,Huazhong Agricultural University,Wuhan 430070,China) |
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| Abstract: | WU Linhui;SUN Qi;WANG Liru;ZHANG Kaili;XIE Shengsong;LI Xinyun;ZHAO Shuhong;MA Yunlong(Key Laboratory of Agricultural Animal Genetics,Breeding and Reproduction of the Ministry ofEducation,Huazhong Agricultural University,Wuhan 430070,China) |
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| Keywords: | Enshi Black pig relationship coefficient inbreeding coefficient linkage disequilibrium the effective population size selection signatures |
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