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长江下游地区地方鸭种全基因组序列测定及遗传多样性分析
摘    要:为全面了解长江下游地区兼用型鸭的遗传多样性,对该地区娄门鸭、昆山麻鸭、巢湖鸭和高邮鸭的血液进行了全基因组重测序分析。4个样本平均测序深度和覆盖率分别为11.7×和97.19%;通过与北京鸭基因组进行比对,娄门鸭、昆山麻鸭、巢湖鸭和高邮鸭分别检测到7 711 254、8 137 855、7 299 539和7 962 102个SNP,1 145 846、1 239 348、958 379和1 121 697个Indel以及1 777、1 949、1 556和1 088个CNV,这些变异大部分分布在基因间或者是基因内的内含子区;通过群体系统进化树分析和CNV交集分析发现娄门鸭和昆山麻鸭为一类,巢湖鸭和高邮鸭为一类。测序分析结果真实反映了各鸭种在遗传上的差异,与其地理分布基本一致。

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