| 基于RNA-Seq的杜仲转录组微卫星特征分析 |
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| 引用本文： | 冯延芝,李芳东,魏琦琦,莫文娟,王璐,黄地歌,傅建敏.基于RNA-Seq的杜仲转录组微卫星特征分析[J].中国农业大学学报,2016,21(9):68-79. |
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| 作者姓名： | 冯延芝 李芳东 魏琦琦 莫文娟 王璐 黄地歌 傅建敏 |
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| 作者单位： | 中国林业科学研究院 经济林研究开发中心, 郑州 450003;国家林业局 泡桐研究开发中心, 郑州 450003;中国林业科学研究院 经济林研究开发中心, 郑州 450003;国家林业局 泡桐研究开发中心, 郑州 450003;中南林业科技大学 经济林培育与保护教育部重点实验室, 长沙 410004;中国林业科学研究院 华北林业实验中心, 北京 102300;中国林业科学研究院 经济林研究开发中心, 郑州 450003;国家林业局 泡桐研究开发中心, 郑州 450003;中南林业科技大学 林学院, 长沙 410004;中国林业科学研究院 经济林研究开发中心, 郑州 450003;国家林业局 泡桐研究开发中心, 郑州 450003 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金面上项目（31370682） |
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| 摘 要： | 对杜仲(Eucommia ulmoides)国审良种‘华仲6号’和‘华仲10号’花后70和160d的种仁共4个样本进行转录组测序,对测序数据进行组装和功能注释分类,并对转录组获得的单基因簇(unigene)进行微卫星特征分析。利用新一代高通量测序技术Illumina HiSeq~(TM)2000对杜仲样品进行转录组测序,采用软件Trinity进行组装;利用BLAST软件将unigene序列分别与Nr、GO、COG和KEGG等数据库比对分析;利用MISA软件对转录组的96 469条unigenes进行SSR搜索。结果表明:转录组测序分析,共得到72 791 399个高质量的序列读取片段(Clean reads),包含了14 702 548 161个的碱基序列(bp)信息。对reads进行序列组装,共获得96 469个平均长度为690bp的unigene,序列信息量达到了66.56 Mb。同源性分析结果显示,有49 856个与其它物种同源的unigenes得到注释,占All-unigene的51.68%。将杜仲转录组中的unigene与GO数据库进行比对分析,根据其功能可将注释到的38 983条unigene分成3大类(细胞组分、分子功能和生物学过程)56个分支;根据COG功能可将注释的14 796条unigene基因划分成25个类别;KEGG数据库作为参照,可将注释到的11 260条unigene定位到117个代谢途径分支;SSR位点搜索结果显示,96 469条unigenes中共包含9 621个完整型SSR位点,占总SSR位点的84.14%。完整型SSR位点共包含55种重复基元,其中出现频率最高的重复基序类型为单核苷酸重复中的A/T(4 597个),其次是AG/CT(2 597个)、AT/AT(439个)。
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| 关 键 词： | 杜仲 转录组 转录组测序 单基因簇 SSR |
| 收稿时间： | 2015/11/12 0:00:00 |
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