| 甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛EST资源的SSR信息分析 |
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| 引用本文： | 贾赵东,马佩勇,郭小丁,谢一芝.甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛EST资源的SSR信息分析[J].华北农学报,2012(Z1):27-32. |
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| 作者姓名： | 贾赵东 马佩勇 郭小丁 谢一芝 |
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| 作者单位： | 江苏省农业科学院粮食作物研究所 |
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| 基金项目： | 现代农业产业技术体系建设专项(CARS-11-C-03);国家“863”计划(2012AA101204-1-7);江苏省科技支撑计划(BE2011301-1);江苏省农业科技自主创新基金(CX(11)1020) |
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| 摘 要： | 利用生物信息学方法对NCBI公共数据库的1 458条三浅裂野牵牛ESTs序列进行EST-SSRs信息特征分析。结果显示,剔除低质量的和冗余的序列后,得到总长度为334.368 kb无冗余序列868条。这些无冗余序列中有35个微卫星简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR),分布于35条EST中,出现频率为4.03%,平均分布距离为9.55 kb。在2～6核苷酸的重复类型中,二、三核苷酸SSR之和占总EST-SSR的68.57%,其中三核苷酸SSR占总SSR数量的45.71%。在所有重复单元中,所占比例最高的是AT/AT(14.29%),其次是TCT/AGA为11.43%,TAA/TTA为8.57%列第3位。在所有的SSR中,EST-SSRs重复次数5次的有13个,占全部SSR的37.14%,其次是重复次数为4次和7次,各有5个,占全部SSR的14.29%。结果说明,甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛的EST-SSR出现频率较高、类型丰富、具有一定的研究利用价值。
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| 关 键 词： | 三浅裂野牵牛 生物信息学 EST SSR |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ |
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