| 美国大灵芝（Ganoderma oregonense）转录组SSR位点的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 陈诚,刘晓飞,李强,王剑,伏荣桃,张鸿,卢代华.美国大灵芝（Ganoderma oregonense）转录组SSR位点的生物信息学分析[J].中国农业科技导报,2018,20(7):48-55. |
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| 作者姓名： | 陈诚 刘晓飞 李强 王剑 伏荣桃 张鸿 卢代华 |
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| 作者单位： | 1.四川省农业科学院植物保护研究所, 成都 610066; 2.四川省食品药品检验检测院, 成都 611731; 3.四川省农业科学院生物技术核技术研究所, 成都 610061 |
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| 基金项目： | 农业部公益性行业专项（201503127）；四川省财政创新提升工程项目（2016GYSH-014）；四川省科技支撑计划项目（2014NZ0086）；成都市产业升级牵引工程项目（2015-NY02-00063-NC）资助。 |
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| 摘 要： | 为了解美国大灵芝（Ganoderma oregonense）转录组中的简单重复序列（simple sequence repeat，SSR）位点信息，并为开发灵芝分子标记辅助育种技术奠定基础，将高通量转录组测序获得的美国大灵芝转录组数据通过Trinity软件拼接组装，再利用MISA软件分析其SSR位点信息。随后采用Primer 3根据SSR位点设计特异性鉴别引物，并以灵芝DNA为模板，对其有效性进行验证。共获得65 064条单基因簇（unigene），在其中2 981条unigene中检测到3 380个符合软件参数的SSR位点，发生频率为5.19%，平均分布距离为12.60 kb。美国大灵芝转录组SSR位点总长度为52 168 bp，平均长度为15 bp。单核苷酸、三核苷酸是美国大灵芝转录组SSR的主要重复类型，分别占总SSR的35.33%和38.67%。SSR基元重复次数范围为5~73次，其中5次重复的发生次数最高。SSR重复基元共有98个类型，其中C/G是最常见的重复基元，比例为17.72%，其次是A/T，比例为17.60%。针对3 380个SSR位点设计出2 324对SSR引物，随机选择15对引物对3种灵芝栽培品种进行PCR扩增，10对引物可稳定扩增出条带，其中8对在3个灵芝栽培品种中表现出多态性。说明美国大灵芝转录组SSR位点多态性丰富，对灵芝的功能基因挖掘、分子标记辅助育种开发以及遗传多样性分析等具有重要意义。
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| 关 键 词： | 灵芝 转录组 SSR 多态性 |
| 收稿时间： | 2017-08-09 |
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