| 翅果油树叶绿体基因组密码子偏好性分析 |
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| 引用本文： | 郭媛婷,张敏,杨玉洁,胡晓艳,杜淑辉.翅果油树叶绿体基因组密码子偏好性分析[J].山西农业科学,2023(3):233-240. |
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| 作者姓名： | 郭媛婷 张敏 杨玉洁 胡晓艳 杜淑辉 |
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| 作者单位： | 山西农业大学林学院 |
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| 基金项目： | 山西农业大学科技创新基金项目（2016YJ14）； |
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| 摘 要： | 为明确翅果油树叶绿体基因组密码子使用偏好性，从Gen Bank数据库下载翅果油树叶绿体基因组序列，筛选出合适长度的序列并进行密码子使用偏好及其影响因素分析；使用Codon W软件分析序列得出A3、T3、C3、G3、GC3、有效密码子数(ENC)、相对同义密码子使用度(RSCU)等重要参数，并进行相关指数分析、中性绘图分析、ENC-plot绘图分析、PR2-plot分析及最优密码子的确定。结果表明，翅果油树叶绿体基因组密码子不同位点上GC含量分布差异较大，其大小表现为GC1(41.08%)>GC2(38.17%)>GC3(36.55%);ENC平均值为50.95，表明密码子使用偏好性较弱；密码子偏好使用A或U结尾，最终选出的20个最优密码子也均以A或U结尾。中性绘图和ENC-plot绘图分析发现，翅果油树叶绿体基因组密码子内部碱基组成之间不具有显著相关性，选择压力远胜于突变压力；PR2-plot绘图分析...
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| 关 键 词： | 翅果油树 叶绿体基因组 密码子使用偏性 最优密码子 |
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