野生二倍体草莓的SSR分子标记开发及核心种质的构建 |
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引用本文: | 张咏琦,王超,许林林,吴娥娇,李天红,赵密珍,袁华招.野生二倍体草莓的SSR分子标记开发及核心种质的构建[J].园艺学报,2023(11):2365-2375. |
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作者姓名: | 张咏琦 王超 许林林 吴娥娇 李天红 赵密珍 袁华招 |
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作者单位: | 1. 中国农业大学园艺学院;2. 江苏省农业科学院果树研究所,江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室 |
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基金项目: | 国家重点研发计划项目(2019YFD1000201); |
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摘 要: | 用MISA程序搜索森林草莓(Fragaria vesca L.)基因组获得106 829个SSR位点,比对森林草莓等8种二倍体草莓的基因组获得唯一且共同的SSR序列5778个,其中单、二、三、四、五、六核苷酸类型以及复杂重复类型分别为3461、1223、999、57、7、5、26。在26个复杂重复类型中,有18个SSR位点在森林草莓、中国草莓(F. chinensis Lozinsk)、东北草莓(F. mandshurica Staudt)、黄毛草莓(F. nilgerrensis Schlecht.)、西藏草莓(F. nubicola Lindl.)、峨眉草莓(F. emeiensis Jia J. Lei)、五叶草莓(F. pentaphylla Lozinsk)和绿色草莓(F. viridis Duch.)等8个二倍体种的176份资源重测序数据中具有较高的覆盖度,通过检测获得了444个等位基因,平均有效等位基因数为7.899,Shannon信息指数在0.836~3.362之间,观察杂合度在0.006~0.477之间,期望杂合度在0.324~0.953之间,多态信息含量(PIC)介...
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关 键 词: | 草莓 二倍体种 SSR 多态性分析 核心种质 |
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