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亚洲棉短纤维发育相关长链非编码RNA的鉴定及表达
引用本文:王晓阳,彭振,邢爱双,赵盈睿,马欣丽,刘方,杜雄明,何守朴.亚洲棉短纤维发育相关长链非编码RNA的鉴定及表达[J].中国农业科学,2023(23):4565-4587.
作者姓名:王晓阳  彭振  邢爱双  赵盈睿  马欣丽  刘方  杜雄明  何守朴
作者单位:1. 中国农业科学院棉花研究所/棉花生物育种与综合利用全国重点实验室;2. 郑州大学农学院/棉花生物育种与综合利用全国重点实验室郑州基地
基金项目:国家自然科学基金(32201875);
摘    要:【目的】长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lncRNAs)是一类无蛋白质编码能力,但参与许多重要生命活动调控过程的长度大于200 nt的RNA。通过对亚洲棉无短纤维突变体(GA0149)和野生型(GA0146)纤维发育早期的转录组数据进行分析,挖掘调控短纤维发育的lncRNA,并明确其调控网络,为进一步解析棉花纤维发育机制奠定基础。【方法】选择GA0146和GA0149 2个材料在开花后当天(0 DPA)及花后3 d(3 DPA)、5 d(5 DPA)和8 d(8 DPA)的胚珠和纤维为材料进行转录组测序。鉴定lncRNA并预测其调控的靶基因;通过mRNA和lncRNA的差异表达分析,比较2个材料在不同纤维发育时期的差异。进一步利用KOBAS软件预测对差异lncRNA的靶基因进行富集分析并预测其参与的生物过程;最后通过实时荧光定量(RT-qPCR)技术对25个差异表达的lncRNA转录组数据进行验证。【结果】共鉴定获得15 339个lncRNA,其中11 595个lncRNA位于基因间区,包括2 428个反义lncRNA、350个内含子lncRNA及966个正...

关 键 词:亚洲棉  短纤维突变体  长链非编码RNA  调控网络  荧光定量PCR
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