| 原核微藻psbA基因的密码子偏好性及聚类分析 |
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| 引用本文： | 侯惠静,王素英,吴子健.原核微藻psbA基因的密码子偏好性及聚类分析[J].核农学报,2016(7):1296-1307. |
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| 作者姓名： | 侯惠静 王素英 吴子健 |
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| 作者单位： | 天津商业大学生物技术与食品科学学院/天津市食品生物技术重点实验室,天津,300134 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31270050);创新团队项目(140028) |
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| 摘 要： | D1蛋白是光合作用反应中心的一种蛋白,研究编码该蛋白的psb A基因密码子的偏好性及聚类分析对原核微藻的分类具有重要意义。本研究利用MEGA和Codon W软件分析psb A基因的碱基组成和密码子适应指数、有效密码子数及相对密码子使用度等参数。结果表明,不同种属原核微藻的psb A基因具有明显的密码子偏好性,且密码子使用模式多样,可反映该类群生物种属之间的亲缘关系。依据密码子偏好性的欧式平方距离系数进行聚类,证实密码子的偏好性与其物种的亲缘关系及进化存在一定的关系,其聚类结果可作为系统发育分析的重要补充。
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| 关 键 词： | 原核微藻 psbA 密码子偏好性 系统聚类 |
Cluster Analysis and Codon Usage Bias of psbA Genes From Prokaryotic Microalgae |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | microalgae psbA codon usage bias hierarchical clustering |
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