| 基于高通量测序的杂交鳢转录组数据分析 |
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| 引用本文： | 黄勇,龚望宝,陈海刚,孙西红.基于高通量测序的杂交鳢转录组数据分析[J].湖南农业大学学报(自然科学版),2019,45(5). |
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| 作者姓名： | 黄勇 龚望宝 陈海刚 孙西红 |
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| 作者单位： | 河南科技大学动物科技学院;中国水产科学研究院珠江水产研究所;中国水产科学研究院南海水产研究所;广东省渔业生态环境重点实验室 |
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| 基金项目： | 国家科技支撑计划(2012BAD25B04)；河南省自然科学基金项目(162300410069)；河南省高等学校重点科研项目(16A240002)；广东省渔业生态环境重点实验室开放基金(LFE–2016–13) |
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| 摘 要： | 运用高通量技术对杂交鳢进行转录本测序和数据分析,经拼接与组装,最终获得52 065条unigenes,长度范围201～12 407 bp,序列平均长度为710 bp。从长度分布、GC含量和基因表达量等方面对unigenes进行评估,数据显示测序质量较好。进一步的数据分析,共鉴定出20 535个CDS,37 324个SNP位点和7 830个微卫星。用6大数据库Swiss–Prot、Nr、Pfam、KEGG、KOG和GO注释杂交鳢转录组unigenes,分别对应有20 955、28 938、19 339、14 052、19 358和18 635条unigenes获得注释。根据GO数据库的注释,可将这些unigenes分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类共50亚类。KEGG代谢通路分析表明,这些unigenes参与了5大类30亚类共268个代谢通路,其中,参与信号转导通路的unigenes数量最多,有1 716条。
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| 关 键 词： | 杂交鳢 转录组 unigenes 基因注释 |
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