| 猪流行性腹泻病毒AH-2018-HF1株全基因组序列测定与分析 |
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| 引用本文： | 孙 裴,王震震,李 亮,等.猪流行性腹泻病毒AH-2018-HF1株全基因组序列测定与分析[J].西北农林科技大学学报(社会科学版),2021,49(4):,1-,9. |
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| 作者姓名： | 孙 裴 王震震 李 亮 等 |
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| 作者单位： | 安徽农业大学 动物科技学院;南京农业大学 动物医学院 |
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| 基金项目： | 合肥市农业行业首席专家工作室（生猪饲养及疫防）项目；现代农业产业技术体系建设专项（CARS-36-生猪）；安徽省生猪产业技术体系项目；农业农村部猪肉质量安全控制重点实验室项目；安徽省自然科学基金项目（1708085MC83） |
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| 摘 要： | 【目的】对猪流行性腹泻病毒安徽毒株AH-2018-HF1进行全基因组测序，了解该毒株的分子生物学特征和遗传进化情况，为PEDV的进化和变异研究提供参考。【方法】从PEDV阳性病料（肠道组织）中提取RNA，反转录获得cDNA。将PEDV基因分为9段，设计相应的引物，采用分段重叠法对PEDV基因组进行分段扩增，扩增产物经克隆测序后，采用DNAstar软件拼接，获得全基因组，将此全基因序列与GenBank上公布的国内外25株PEDV毒株进行比对和分析。【结果】PCR扩增获得了4 036，3 724，2 874，3 600，3 950，4 187，3 576，2 953和1 138 bp的9条目标片段，测序拼接后获得了27 937 bp的PEDV全长基因组。AH-2018-HF1株与经典株CV777（疫苗株）全基因序列同源性为97.7%，S基因同源性为96.7%，ORF3基因同源性为90.8%。全基因组序列对比发现，AH-2018-HF1株与SD-M株同源性最高,为99.9%;与PEDV/MEX/QRO/02/2017同源性最低,为96%。S基因序列分析结果显示，AH-2018-HF1株在2 319-2 320位缺失3 bp碱基（GTT）；与CV777、LZC株相比，AH-2018-HF1株在459-460位缺失3 bp碱基（ATA）；和国内外变异毒株相比，AH-2018-HF1株在174-175位缺失12 bp 碱基(CAGGGTGTCAAT)，在461-462位插入6 bp碱基（TGGAAA）。ORF3基因序列分析结果显示，AH-2018-HF1株在245-296位有49个碱基缺失。全基因组系统进化树分析表明，AH-2018-HF1与SD-M亲缘性最近，与CV777亲缘性较近，与国内外变异毒株的亲缘关系较远；S基因系统进化结果与全基因组系统进化结果相似；ORF3基因系统进化分析结果与全基因组系统进化结果不同。【结论】AH-2018-HF1仍属于经典毒株，但存在一定的变异，表明PEDV处于不断的进化中。
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| 关 键 词： | 猪流行性腹泻病毒 全基因组 序列分析 安徽省 |
| 收稿时间： | 2020/3/25 0:00:00 |
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