| 基于锦绣杜鹃花蕾转录组的SSR标记开发及应用 |
| |
| 引用本文： | 王书珍,张羽佳,黄诗颖,罗炎炎,金正强,李志良,金卫斌.基于锦绣杜鹃花蕾转录组的SSR标记开发及应用[J].林业科学研究,2019,32(3):97-104. |
| |
| 作者姓名： | 王书珍 张羽佳 黄诗颖 罗炎炎 金正强 李志良 金卫斌 |
| |
| 作者单位： | 大别山特色资源开发湖北省协同创新中心;黄冈师范学院 生命科学学院, 湖北 黄冈 438000,大别山特色资源开发湖北省协同创新中心;黄冈师范学院 生命科学学院, 湖北 黄冈 438000,大别山特色资源开发湖北省协同创新中心;黄冈师范学院 生命科学学院, 湖北 黄冈 438000,大别山特色资源开发湖北省协同创新中心;黄冈师范学院 生命科学学院, 湖北 黄冈 438000,大别山特色资源开发湖北省协同创新中心;黄冈师范学院 生命科学学院, 湖北 黄冈 438000,大别山特色资源开发湖北省协同创新中心;黄冈师范学院 生命科学学院, 湖北 黄冈 438000,大别山特色资源开发湖北省协同创新中心;黄冈师范学院 生命科学学院, 湖北 黄冈 438000 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金（NSFC31500995）；经济林木种质改良与资源综合利用湖北省重点实验室开发基金（2017BX06）。 |
| |
| 摘 要： | 目的]探究锦绣杜鹃(Rhododendron pulchrum Planch.) EST-SSR的类型、分布频率和分布特征,开发有效的SSR标记,并验证其在遗传多样性研究和跨物种转移中的应用潜力。方法]采用RNA-seq技术对锦绣杜鹃‘紫鹤’品种的花蕾进行转录组测序,MISA软件对组装的unigenes内部的SSR位点进行检索,分析其类型、分布频率。利用Primer 3.0软件设计引物,并对锦绣杜鹃群体和其近缘种映山红群体进行多样性检测,利用POPGENE-PC 2.2软件计算等位基因数、有效等位基因数、多态性位点百分率、Shannon’s信息指数、Nei氏多样性指数、观察杂合度、期望杂合度等参数。结果]锦绣杜鹃‘紫鹤’花蕾转录组共有49 527个unigenes(43 766 249 bp),从中筛选出16 120个SSR位点(24.46%),发生频率为1·(2.7 kb)~(-1)。微卫星的重复次数主要集中在5～24次之间,二核苷酸发生频率最高(9 624个,59.70%),其次是单核苷酸(3 738个,23.19%),频率最低的为五核苷酸(42个,0.26%)。频率最高的重复基序有A/T、AG/CT、AAG/CTT、AGG/CCT、ACC/GGT、AGC/GCT、AAAG/CTTT、AAGAG/CTCTT、AGAGGG/CCCTCT等。选用13个多态性SSR标记对锦绣杜鹃群体进行PCR扩增,共得到71个等位基因,平均每个位点3～9个;有效等位基因数在各SSR位点之间变化范围为1.684～5.930;观察杂合度H_O和期望杂合度H_E的变化范围分别为0.000～1.000和0.433～0.848,平均值分别为0.696±0.426和0.705±0.129;Shannon’s信息指数I和Nei氏多样性指数h的变化范围分别为0.736～1.961和0.406～0.831,平均值分别为1.376±0.339和0.683±0.131。此13个标记在映山红群体中的跨物种扩增成功率为100%,并反映出丰富的遗传多样性。2个群体间的遗传差异93.4%存在于群体内部。结论]基于AG/CT重复基序开发的13个SSR标记具有高度的多态性,为后续杜鹃花属植物的遗传多样性研究、遗传图谱构建、基因定位、分子标记辅助育种等研究奠定了基础。大别山野生映山红资源具有较高的遗传多样性,且杂合度过剩,遗传变异主要发生在群体内部。
|
| 关 键 词： | 锦绣杜鹃 转录组测序 微卫星 遗传多样性 跨物种扩增 |
| 收稿时间： | 2018/3/8 0:00:00 |
| 修稿时间： | 2019/3/22 0:00:00 |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《林业科学研究》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《林业科学研究》下载免费的PDF全文 |
|
