| 黔北麻羊MEF2D基因多态性及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 罗铮,翁吉梅,封竣琪,徐伟,黄兰,罗卫星,蔡惠芬.黔北麻羊MEF2D基因多态性及生物信息学分析[J].中国畜牧兽医,2018(10). |
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| 作者姓名： | 罗铮 翁吉梅 封竣琪 徐伟 黄兰 罗卫星 蔡惠芬 |
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| 作者单位： | 贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖省部共建教育部重点实验室;贵州大学动物科学学院贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室 |
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| 摘 要： | 本研究旨在对黔北麻羊肌细胞增强因子2D(myocyte enhancer factor 2D,MEF2D)基因的多态位点进行筛选及生物信息学分析。根据GenBank中山羊MEF2 D基因序列(登录号:NC_030810),应用Primer Premier 5.0软件设计引物,运用混合DNA池结合PCR产物直接测序分析黔北麻羊MEF2D蛋白第2~6外显子序列多态性,构建系统进化树,并利用生物信息学软件对黔北麻羊MEF2D蛋白进行理化性质、疏水性、跨膜结构、信号肽和二级结构分析。结果显示,共筛选出3个SNPs:Exon3-G17617A、Exon5-C20180A和Exon5-C20259T。系统进化树分析显示,黔北麻羊和黄牛的亲缘性最近,与野猪和人的亲缘关系较近,与褐家鼠和小家鼠的亲缘关系较远。蛋白理化性质分析显示,黔北麻羊MEF2D蛋白理论等电点为7.74,亲水值最小为-2.867,疏水值最大为1.933,为非跨膜蛋白,无信号肽。二级结构显示,Exon5-C20180A突变导致黔北麻羊MEF2D蛋白质二级结构中α-螺旋和延伸链增加,β-转角和无规则卷曲减少。本研究成功筛选出黔北麻羊MEF2 D基因多态位点,为研究黔北麻羊育种的分子遗传标记辅助选择奠定基础。
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