| 越橘果实转录组及R2R3-MYB转录因子分析 |
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| 引用本文： | 宋 杨,刘红弟,张红军,窦连登.越橘果实转录组及R2R3-MYB转录因子分析[J].园艺学报,2015,42(12):2383-2394. |
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| 作者姓名： | 宋 杨 刘红弟 张红军 窦连登 |
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| 作者单位： | 中国农业科学院果树研究所，农业部园艺作物种质资源利用重点实验室，辽宁兴城 125100 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（31301754）；辽宁省农业领域青年科技创新人才培养计划项目（2015059） |
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| 摘 要： | 以‘泽西’越橘(Vaccinium corymbosum‘Jersey’)不同发育阶段的果实为试材,构建De novo转录组测序文库并进行数据分析,利用Web Logo 3、CLC Sequence Viewer 6等软件和荧光定量PCR技术对所获数据中的R2R3-MYB转录因子进行生物信息学分析和表达分析。结果表明,转录组测序共获得有效数据6.01 Gb,通过组装得到Unigene序列60 481个。功能注释结果显示,有39 612个Unigene可以注释到GO和COG等数据库上;20 869个Unigene无匹配信息。利用GO和COG分类工具可将这些序列分别划分为55个和25个功能类别,涉及信号转导和转录调控等功能。利用所获数据分析越橘R2R3-MYB基因,结果表明共得到21个R2R3-MYB。序列分析显示,这21个基因均含有完整的R2R3-MYB区域,在此区域内2(G)和4(W)等30个氨基酸保守不变。进化树分析结果显示,越橘R2R3-MYB基因分为11个亚组。其中,S4、S5和S6亚组中有6个基因涉及到花青苷生物合成。荧光定量PCR结果分析显示,这6个基因在果实发育的7个阶段均能表达,但表达模式不同,这6个基因可能对越橘果实着色具有一定作用。
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| 关 键 词： | 越橘 转录组测序 R2R3-MYB 转录因子 生物信息学 |
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