| 基于转录组研究葡萄糖对葡萄试管苗碳代谢的影响 |
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| 引用本文： | 梁国平,李文芳,马宗桓,左存武,褚明宇,马丽娟,何红红,万 鹏,陈佰鸿,毛 娟.基于转录组研究葡萄糖对葡萄试管苗碳代谢的影响[J].园艺学报,2019,46(1):121-134. |
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| 作者姓名： | 梁国平 李文芳 马宗桓 左存武 褚明宇 马丽娟 何红红 万 鹏 陈佰鸿 毛 娟 |
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| 作者单位： | （甘肃农业大学园艺学院，兰州 730070） |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(314605001) |
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| 摘 要： | 通过转录组测序探究不同浓度(0、1%、2%和4%)外源葡萄糖对‘红地球’葡萄试管苗糖代谢和光合作用的影响。结果表明,2%葡萄糖处理下试管苗生长最好,其次是4%和1%处理,不添加葡萄糖的生长最弱。4个浓度下测序共获得了21.53 Gb Clean Data,Q30碱基百分比在89.49%以上。各样品与参考基因组的比对效率在68.31%～73.71%之间。单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)的转换效率为64.73%～66.76%,颠换在33.24%～35.27%之间,且发生A?G和C?T突变类型最多。可变剪切类型中主要发生的是第一和最后一个外显子剪切事件。通过设定筛选差异基因的阈值,共获得了3 272个差异基因,包括下调基因2 826个和上调基因446个。在COG注释分类中,1%、2%和4%葡萄糖处理与0对照比对,分别注释到了1 449、846和597个差异基因,且大多数注释到除一般功能预测外,都是与转录相关的基因。对叶片碳代谢相关酶进行测定发现,蔗糖合成酶(SS)和葡萄糖6磷酸脱氢酶(G6PDH)活性随着葡萄糖处理浓度增加均表现出先减小后增加的趋势,且SS在4%葡萄糖处理中活性最高,而G6PDH在0对照中最高,中性转化酶(NI)和蔗糖磷酸合成酶(SPS)具有相同的变化趋势,两者的活性峰均出现在2%葡萄糖处理。经qRT-PCR验证,14个基因中有12个基因的表达趋势与转录测序结果一致,表明不同浓度葡萄糖通过影响叶片中碳代谢相关基因的表达来提高‘红地球’葡萄试管苗的生长。
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| 关 键 词： | 葡萄 转录组 葡萄糖 试管苗 |
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