| 薄荷内生细菌的多样性及组成分析 |
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| 引用本文： | 陈泽斌,李冰,王定康,余磊,徐胜光,张永福,任禛.薄荷内生细菌的多样性及组成分析[J].浙江农业学报,2016,28(1):56. |
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| 作者姓名： | 陈泽斌 李冰 王定康 余磊 徐胜光 张永福 任禛 |
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| 作者单位： | （1. 昆明学院 农学院，云南 昆明 650214； 2. 云南省都市特色农业工程技术研究中心，云南 昆明 650214； 3. 中国科学院昆明动物研究所，云南 昆明 650223； 4. 昆明学院 生命科学与技术系，云南 昆明 650214） |
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| 摘 要： | 为了调查薄荷内生细菌种类多样性，应用高通量测序技术测定薄荷内生细菌的16S rDNA\|V4变异区序列，采用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元（OTUs）数量，分析物种的丰度、分布和α多样性，以及物种丰富度的差异。研究获得用于分析的有效序列和OTU数为60 034/226；稀疏曲线表明测序深度充分，OTU的数量接近于饱和。薄荷（样品名BH）的Chao 1指数为226.0，Shannon多样性指数为2538。薄荷内生细菌分布于以下10个属：食酸菌属（Acidovorax，65.34%）、鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas，17.32%）、土地杆菌属（Pedobacter，5.88%）、甲基杆菌属（Methylobacterium，4.33%）、Luteolibacter属（1.94%）、土壤杆菌属（Agrobacterium，153%）、鞘氨醇杆菌属（Sphingobacterium，1.30%）、金黄杆菌属（Chryseobacterium，0.92%）、黄杆菌属（Flavobacterium，0.78%）、Dyadobacter属（0.67%）；薄荷内生细菌优势菌属为食酸菌属（Acidovorax，65.34%）和鞘氨醇单胞菌属（Sphingomonas，17.32%）。Illumina MiSeq高通量测序技术为植物内生细菌的研究提供了更加准确、科学的数据资源。
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| 关 键 词： | 高通量测序 薄荷 内生细菌 多样性 |
Diversity and structure of endophytic bacteria in Menthae Haplocalycis Herba |
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| CHEN Ze\|bin,LI Bing,WANG Ding\|kang,YU Lei,XU Sheng\|guang,ZHANG Yong\|fu,REN Zhen.Diversity and structure of endophytic bacteria in Menthae Haplocalycis Herba[J].Acta Agriculturae Zhejiangensis,2016,28(1):56. |
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| Authors: | CHEN Ze\|bin LI Bing WANG Ding\|kang YU Lei XU Sheng\|guang ZHANG Yong\|fu REN Zhen |
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| Institution: | （1. Agriculture College， Kunming University， Kunming 650214， China; 2. Engineering Research Center for Characteristics Agriculture of Yunnan Province， Kunming 650214， China; 3. Kunming Institute of Zoology， Chinese Academy of Sciences， Kunming 650223， China; 4. Life Science and Technology Department， Kunming University， Kunming 650214， China） |
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| Abstract: | In order to investigate the endophytic bacterial community， leaves samples were collected from Menthae Haplocalycis Herba. The 16S rDNA\|V4 region of leaves collected from Menthae Haplocalycis Herba were sequenced by Illumina MiSeq high\|throughput sequencing technology. Using Qiime and Mothur softwares， the number of sequences and operational taxonomic units （OTUs） for sample was sorted and calculated， the species abundance and distribution， Alpha diversity index and difference in species abundance among samples were analyzed. The number of effective sequences and OTUs for each sample were 60 034/226. The rarefaction curves showed that adequate sampling was achieved. The number of OTUs was close to saturation. The chao 1 and Shannon indexes of sample BH were 226.0 and 2.538, respectively. The species of endophytic bacteria in Menthae Haplocalycis Herba belonged to Acidovorax （65.34%）， Sphingomonas （17.32%）， Pedobacter （5.88%）， Methylobacterium （4.33%）， Luteolibacter （1.94%）， Agrobacterium （1.53%）， Sphingobacterium （1.30%）， Chryseobacterium （0.92%）， Flavobacterium （0.78%） and Dyadobacter （0.67%）. The dominant species were Acidovorax and Sphingomonas with a percentage of 65.34% and 17.32% respectively. Illumina high\|throughput sequencing technology provided more accurate and scientific data resources for the study of endophytic bacteria in Menthae Haplocalycis Herba. |
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| Keywords: | high-throughput sequencing Menthae Haplocalycis Herba endophytic bacteria diversity |
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