| 南方红豆杉转录组SSR挖掘及分子标记的研究 |
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| 引用本文： | 李炎林,杨星星,张家银,黄三文,熊兴耀.南方红豆杉转录组SSR挖掘及分子标记的研究[J].园艺学报,2014,41(4):735-745. |
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| 作者姓名： | 李炎林 杨星星 张家银 黄三文 熊兴耀 |
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| 作者单位： | （1湖南农业大学园艺园林学院，长沙 410128；2中国农业科学研究院蔬菜花卉研究所，北京 100081；3国家中医药管理局亚健康干预技术实验室，长沙 410128） |
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| 摘 要： | 利用Trinity软件对NCBI公共数据库中公布的南方红豆杉（Taxus chinensis var. mairei）根、茎和叶的转录数据进行转录组的重新拼接。通过对13 737 528条序列组装得到96 279条Unigenes（38 Mb），通过SSR检测程序从96 279条Unigenes中得到2 160个SSR位点（2.24%），其平均发生率为1/18.01 kb，基序长度为14 ~ 25 bp之间。优势重复基序为六核苷酸和三核苷酸，分别占总SSR位点的38.56%和37.08%。2 160个SSR位点由703种重复基序构成，其中六核苷酸占60.96%，主要分布在3 ~ 4重复；二、三核苷酸占总SSR位点的44.81%，其中以（AG/CT）n、（AT/AT）n、（AAG/CTT）n、（AGC/CTG）n、（AGG/ CCT）n 和（ATC/ATG）n重复基序最为丰富，合占总SSR重复类型的34.73%，并出现少量的（CG/CG）n和（CCG/CGG）n重复。通过L9（34）正交试验得到最优的SSR-PCR体系，10 μL PCR体系中含DNA 20 ng，1× PCR缓冲液，MgCl2 20 mmol，dNTPs 0.35 mmol，引物0.25 μmol，Taq酶0.45 U。随机挑选62对SSR引物进行8个南方红豆杉株系的SSR扩增，有效扩增率为53.23%，多态性比率为38.71%。这些多态性转录组SSR引物的开发为红豆杉遗传多样性的分析、分子标记辅助育种、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供了更丰富的标记。
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| 关 键 词： | 红豆杉 转录本 引物 SSR |
| 收稿时间： | 2013-12-25 |
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