| 山羊卵巢组织繁殖力相关差异表达基因片段的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 冯安学,钱丽丽,贾青,邢增喜.山羊卵巢组织繁殖力相关差异表达基因片段的生物信息学分析[J].畜牧兽医学报,2012,43(5):693-700. |
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| 作者姓名： | 冯安学 钱丽丽 贾青 邢增喜 |
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| 作者单位： | 1. 河北农业大学动物科技学院,保定,071001
2. 河北农业大学动物科技学院,保定071001;国家北方山区农业工程技术研究中心,保定071001 |
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| 摘 要： | 为考察山羊多羔性的遗传基础,以不同繁殖力的河北中部本地固有山羊为研究对象,在发情期卵巢组织用差异表达PCR方法筛查到4条基因差异片段作为山羊繁殖力性状候选基因。对这些候选基因进行同源性和转录因子结合位点分析,发现4个差异片段中2条为新发现的表达片段。1条与野猪中获得的克隆片段THY010003E05的同源性为81%,但功能未知。另1条差异片段的序列与牛pcnp的mRNA序列的同源性为94%,并据此对山羊pcnp基因进行PCR扩增、克隆及序列测定。应用生物信息学的相关软件和方法,对山羊PC-NP蛋白的理化性质、二级结构、信号肽、核定位序列、磷酸化位点、跨膜区域以及蛋白质功能域等进行预测。结果,山羊pcnp基因完整CDS序列与牛的pcnp基因完整CDS序列同源性为100%,编码区为537bp,编码179个氨基酸;推测与其他已报道的物种一样,山羊PCNP蛋白也是主要位于细胞核中的亲水蛋白,二级结构以无规则卷曲和α螺旋为主,局部为延伸链和β转角;预测出与PCNP蛋白相互作用的5种蛋白,另外还发现了3个LCR(Lowcomplexity region)区域。由此推测,PCNP在物种间相对保守,而且其最可能在细胞核中行使功能,对细胞周期或某些基因的表达产生影响,进而影响山羊繁殖力。
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| 关 键 词： | 山羊 繁殖力 差异表达基因 生物信息学 |
Bioinformatics Analyzing of the Differential Expression of Genes Affecting the Prolificacy in Ovarian Tissue in Goat |
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| FENG An-xue
,
QIAN Li-li
,
JIA Qing
,
XING Zeng-xi.Bioinformatics Analyzing of the Differential Expression of Genes Affecting the Prolificacy in Ovarian Tissue in Goat[J].Acta Veterinaria et Zootechnica Sinica,2012,43(5):693-700. |
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| Authors: | FENG An-xue QIAN Li-li JIA Qing XING Zeng-xi |
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| Institution: | 1 (1.College of Animal Science and Technology,Agricultural University of Hebei,Baoding 071001, China;2.National Engineering Research Center for Agriculture in Northern Mountainous Areas, Baoding 071001,China) |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | goat prolificacy differentially expressed genes bioinformatics |
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