| 链孢粘帚霉寄生核盘菌菌核相关基因的EST生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 钟增明,李世东,高会兰,孙漫红.链孢粘帚霉寄生核盘菌菌核相关基因的EST生物信息学分析[J].中国生物防治,2011,27(2):207-213. |
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| 作者姓名： | 钟增明 李世东 高会兰 孙漫红 |
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| 作者单位： | 中国农业科学院植物保护研究所/农业部生物防治重点开放实验室,北京,100081 |
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| 基金项目： | 国家“863”计划项目(2006AA10A211); 国家“十一五”科技支撑计划(2006BAD02A16); 国家转基因生物新品种培育科技重大专项(2009ZX08009-089B) |
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| 摘 要： | 链孢粘帚霉Gliocladium catenulatum是一种重要的菌寄生真菌,为了明确该菌与寄主核盘菌Sclerotinia sclerotiorum互作中参与菌寄生过程的功能基因,本实验室前期采用抑制消减杂交技术(SSH)构建了消减cDNA文库.本文从该库里随机挑选420个阳性克隆进行测序分析,结果表明克隆片段大小在200～600bp的序列占81.07%.去除载体和小于100bp的序列,获得391条有效序列,其平均长度为409bp.通过序列拼接得到181个单值基因(unigenes),其中包括27个重叠群(contigs)和154个单拷贝的ESTs(singletons).将得到的ESTs与NCBI非冗余蛋白数据库(NR)进行BLASTx分析,结果显示有38个基因的编码蛋白与已知功能的蛋白有较高的相似性,其中包括可能与生物防治功能相关的内切葡聚糖酶、脂滴包被蛋白、MFS转运蛋白、过氧化物酶等;有39条序列在NCBI数据库中未找到相似序列,可能为新基因;其他基因的编码蛋白与数据库中功能未知蛋白相似性高.本研究为明确与重寄生功能相关的基因奠定了基础.
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| 关 键 词： | 链孢粘帚霉 核盘菌 菌寄生 EST 寄生相关基因 |
EST Bioinformatical Analysis of Mycoparasitism-associated Genes in Gliocladium catenulatum Parasitizing on Sclerotia of Sclerotinia sclerotiorum |
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| ZHONG Zeng-ming
,
LI Shi-dong
,
GAO Hui-lan
,
SUN Man-hong.EST Bioinformatical Analysis of Mycoparasitism-associated Genes in Gliocladium catenulatum Parasitizing on Sclerotia of Sclerotinia sclerotiorum[J].Chinese Journal of Biological Control,2011,27(2):207-213. |
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| Authors: | ZHONG Zeng-ming LI Shi-dong GAO Hui-lan SUN Man-hong |
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| Institution: | ZHONG Zeng-ming,LI Shi-dong*,GAO Hui-lan,SUN Man-hong (Key Laboratory for Biological Control of Ministry of Agriculture,Institute of Plant Protection,Chinese Academy of Agricultural Sciences,Beijing 100081,China) |
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| Abstract: | Gliocladium catenulatum is an important mycoparasite.To explore the mycoparasitism-associated genes parasitizing on sclerotia of Sclerotinia sclerotiorum,a subtracted cDNA library by suppression subtractive hybridization(SSH) was constructed.In this paper,420 positive clones were sequenced by randomly selecting with PCR from the library.Analyses indicated that size of 81.07% inserts in all clones was between 200-600 bp.391 valid sequences with average size of 409 bp were generated by vector trimming and dis... |
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| Keywords: | Gliocladium catenulatum Sclerotinia sclerotiorum mycoparasitism EST mycoparasitism-associated gene |
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