| ‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征分析 |
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| 引用本文： | 王小柯,郑乾明,罗怿,柏自琴,李文云,李金强,蔡永强.‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征分析[J].果树学报,2019(3). |
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| 作者姓名： | 王小柯 郑乾明 罗怿 柏自琴 李文云 李金强 蔡永强 |
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| 作者单位： | 贵州省农业科学院果树科学研究所 |
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| 摘 要： | 【目的】分析贵州地方柑橘品种‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征及分子标记,为研究该品种的系统进化关系、丰富柑橘类果树叶绿体分子标记奠定基础。【方法】提取‘惠水金橘’成熟叶片总DNA,构建小片段插入文库并测序,以甜橙叶绿体基因组为参考,筛选叶绿体基因组相关序列组装,开展SSR(simple sequence repeat,简单重复序列)预测、SNP(single nucleotide polymorphisms,单核苷酸多态性)/InDel(insertion-deletion,插入缺失)分析以及聚类分析。【结果】组装后获得叶绿体基因组全长为160 698 bp,GC含量为38.42%,共有117种基因被注释;检测到92个SSR位点,大部分的SSR位点都偏向于A/T组成;检测到417个SNPs位点、149个InDels位点、InDel的标记密度约为每kb 0.927个。进化树显示该品种与其他宽皮柑橘聚为一大类。【结论】利用高通量测序技术挖掘柑橘叶绿体基因组DNA分子标记是可行的。
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| 关 键 词： | 柑橘 叶绿体基因组 高通量测序 SSRs SNP/InDels |
Characterization of the complete chloroplast genome of the ‘Huishui Jin Ju'(Citrus erythrosa Hort. ex Tan.) |
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