| 石榴ARF基因家族鉴定及表达分析 |
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| 引用本文： | 黄贤斌,张太奎,刘翠玉,赵玉洁,魏洪珉,周涧青,苑兆和.石榴ARF基因家族鉴定及表达分析[J].果树学报,2019(1). |
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| 作者姓名： | 黄贤斌 张太奎 刘翠玉 赵玉洁 魏洪珉 周涧青 苑兆和 |
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| 作者单位： | 南京林业大学南方现代林业协同创新中心;南京林业大学林学院 |
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| 摘 要： | 【目的】筛选并分析石榴生长素响应因子(auxin response factor,ARF)基因家族,为解析石榴ARF基因功能及信号转导调控机制的研究提供参考。【方法】利用生物信息学工具,系统地分析石榴ARF基因家族成员的基因结构、蛋白理化性质、蛋白结构、保守基序、系统进化和RNA-Seq数据。【结果】石榴全基因组中鉴定出19个可能的ARF家族基因,根据系统发育树可以划分为4类。PgARF基因家族成员的扩张与全基因组复制事件有关,存在串联重复现象。RNA-Seq数据分析表明,PgARF有一定的组织表达特异性,存在假基因化和新功能化的可能。【结论】整合以上基因结构、系统发育与进化、RNA-Seq表达等分析结果,发现石榴ARF蛋白具有典型的B3、Auxin_resp结构域,多数还具有Aux/IAA结构域。石榴ARF基因家族基因结构和保守基序的进化与进化时间相关,同时家族成员扩张主要与全基因组复制事件相关。
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| 关 键 词： | 石榴 ARF基因家族 进化分析 表达分析 |
Genome-wide identification and expression analysis of auxin response factor(ARF) gene family in Punica granatum |
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