| 基于基因组重测序数据高效筛选梨SSR标记多态性引物 |
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| 引用本文： | 蒋爽,骆军,王晓庆,施春晖.基于基因组重测序数据高效筛选梨SSR标记多态性引物[J].果树学报,2019(2). |
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| 作者姓名： | 蒋爽 骆军 王晓庆 施春晖 |
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| 作者单位： | 上海农业科学院林木果树研究所·上海市园艺重点实验室 |
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| 摘 要： | 【目的】基于重测序数据开发一种快速筛选样品间SSR标记多态性的方法。【方法】通过基因组重测序技术对2个砂梨品种'早生新水’和'秋水’、1个西洋梨栽培品种'早红考密斯’以及3个梨属野生种豆梨、川梨和杜梨进行重测序,对已报道的446对梨SSR引物和新开发16对引物进行多态性测试,使用Magicblast匹配测序产生的Reads到上述SSR位点序列,获得SSR两侧保守序列之间的长度,筛选出多态性的引物。使用荧光PCR对部分筛选出的多态性引物进行验证。【结果】单个SSR位点在不同样品间获得匹配的平均Reads数能够超过16条,每个样品均获得了220个以上位点的信息,380对引物在不同样品间能够获得多态性的片段。精确分析了梨LG3早熟候选区域29个SSR位点在'早生新水’和'秋水’中的扩增情况,共鉴定出9个多态性表现好的位点。荧光PCR验证结果显示,通过预备筛选的引物表现出良好的多态性。【结论】本研究的方法一次能够筛选多对SSR引物,在常规PCR前可以预先获得不同引物的多态性信息,从而提高引物筛选效率。本方法不仅能应用于梨重测序数据快速筛选SSR引物,对其他动植物上的类似研究同样适用。
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| 关 键 词： | 梨 重测序 SSR标记 多态性 |
A study on efficient screening of the primers for selecting polymorphic SSR markers based on the re-sequencing data in Pyrus |
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