| 大豆NUDX基因家族全基因组分析 |
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| 引用本文： | 常 玮,王 娟,于 洋,等.大豆NUDX基因家族全基因组分析[J].西北农林科技大学学报(社会科学版),2018,46(9):27-34. |
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| 作者姓名： | 常 玮 王 娟 于 洋 等 |
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| 作者单位： | 南阳师范学院农业工程学院 |
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| 基金项目： | 河南省科技攻关计划（农业领域）项目（162102110139） |
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| 摘 要： | 【目的】利用大豆基因组Wm82.a2.v1,以拟南芥NUDX基因序列作为参考,通过全基因扫描,在大豆基因组中鉴定大豆NUDX基因家族。【方法】通过比对不同植物NUDXs蛋白序列,分析其保守结构特征,并采用模式匹配的方法分析大豆中具有相同结构的蛋白。利用ProtParam、TargetP1和WoLF-PSORT在线程序,分析候选基因编码蛋白质的亚细胞定位,根据多序列比对结果,利用MEGA5.1进行系统进化分析,最终根据大豆转录组数据对上述挖掘到的基因的表达模式进行分析。【结果】在大豆基因组中共找到69个推定的NUDX基因,分布于20条染色体上,其中56个具有单nudix水解酶结构域。对这69个基因的系统进化分析表明,大部分的GmNUDXs具有2个拷贝,且在大豆基因组上成对出现,这反映出了古老的基因组复制事件。对69个基因的表达分析表明,GmNUDXs在大豆中的表达不具有组织特异性,但表现出了明显的丰度变化:69个基因中:24个基因具有高表达丰度,26个基因具有中等表达丰度,10个基因具有较低表达丰度,9个没有发现表达序列,表明这9个基因可能为假基因。【结论】从大豆基因组数据库中挖掘到69个GmNUDXs,分布于大豆的20条染色体上,在大豆中可能具有多种功能。
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| 关 键 词： | 大豆 NUDX基因家族 增变基因 系统进化 表达模式 |
| 收稿时间： | 2017/6/8 0:00:00 |
Genome wide analysis of soybean NUDX gene family |
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| CHANG Wei,WANG Juan and YU Yang,et al.Genome wide analysis of soybean NUDX gene family[J].Journal of Northwest Sci-Tech Univ of Agr and,2018,46(9):27-34. |
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| Authors: | CHANG Wei WANG Juan and YU Yang |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | soybean NUDX gene family mutator phylogenetic expression pattern |
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