| 玉米籽粒长度的全基因组关联分析 |
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| 引用本文： | 代力强,吴 律,董青松,等.玉米籽粒长度的全基因组关联分析[J].西北农林科技大学学报(社会科学版),2018,46(6):20-28. |
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| 作者姓名： | 代力强 吴 律 董青松 等 |
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| 作者单位： | 吉林农业大学农学院 |
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| 基金项目： | 吉林省农委资助项目(2012)；农业部“948”项目(2013-Z47) |
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| 摘 要： | 【目的】筛选与玉米粒长紧密关联的SNP标记和候选基因,为分子标记辅助选择籽粒较长的玉米材料及克隆相关的功能基因奠定基础。【方法】以80个核心玉米自交系作为关联群体,在2014年和2015年分别将其种植在吉林省长春市和梅河口市,收获后考种。同时采用Illumina Hiseq PE150高通量测序仪对关联群体进行全基因组重测序,将获得的高质量SNP标记用于后续玉米粒长的全基因组关联分析。【结果】不同玉米自交系的籽粒长度遗传变异较大,广义遗传力为83.67%,说明该性状主要受到遗传因素的控制。经过全基因组关联分析,在4个环境下共检测到16个与玉米粒长显著关联(P10-6)的SNP标记,解释的表型变异率在1.68%~27.61%。其中7个标记位于前人已定位的粒长QTL置信区间内,1个标记在2015年的2个环境中都被检测到。在显著性SNP标记的LD范围内共发掘出GRMZM2G018607、GRMZM2G034882和GRMZM2G322641等3个候选基因,其分别编码ABCF4转运蛋白、WIP2互作蛋白和一个含DUF2346结构域的蛋白质,可能与玉米粒长的发育形成密切相关。【结论】筛选出16个与玉米粒长紧密关联的显著性SNP标记和3个候选基因。
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| 关 键 词： | 玉米 粒长 全基因组重测序 单核苷酸多态性 全基因组关联分析 候选基因 |
| 收稿时间： | 2017/4/7 0:00:00 |
Genome wide association analysis of maize kernel length |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | maize kernel length whole-genome resequencing SNPs genome-wide association study candidate genes |
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