| 黔北麻羊FTO基因SNPs筛选及其生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 翁吉梅,罗铮,徐伟,封竣琪,蔡惠芬,罗卫星,陈说.黔北麻羊FTO基因SNPs筛选及其生物信息学分析[J].中国畜牧杂志,2018(9). |
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| 作者姓名： | 翁吉梅 罗铮 徐伟 封竣琪 蔡惠芬 罗卫星 陈说 |
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| 作者单位： | 高原山地动物遗传育种与繁殖省部共建教育部重点实验室贵州大学动物科学学院;贵州省仁怀市黔北麻羊原种场 |
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| 摘 要： | 筛选150只黔北麻羊(0.5岁、1岁、1.5岁各50只)FTO基因的SNPs,为进一步开展FTO基因多态性与山羊肉质性状相关性研究提供参考。通过构建DNA混合池结合PCR产物直接测序技术,对黔北麻羊FTO基因外显子区域进行多态性分析,采用生物信息学软件对PCR扩增所获序列进行m RNA二级结构分析及对SNPs突变位点峰高进行等位基因频率估算,并应用相应软件对FTO基因编码的蛋白质结构、理化性质、信号肽、跨膜结构、亚细胞定位等结构进行生物信息学分析。在FTO基因外显子区域共筛选出8个SNPs,分别为Exon2-C139T、Exon3-A242G、Exon3-T282A、Exon3-C339T、Exon3-G387T、Exon3-T399C、Exon9-C1615G、Exon9-G1718A。分析表明,Exon3-A242G、Exon3-T282A、Exon3-C339T、Exon3-G387T、Exon3-T399C位点的突变在CDS区内,其中Exon3-A242G(Gln-His)、Exon3-G387T引起m RNA二级结构的改变,Exon3-C339T、Exon3-G387T突变导致其m RNA二级结构最小自由能增大,即二级结构稳定性降低。对FTO基因序列进行生物信息学分析,得出FTO是一种非分泌型的亲水性蛋白,不存在跨膜区域,发挥生物学作用的主要场所是细胞质,有7个Ser位点,5个Thr位点,5个Tyr位点,二级结构中ɑ螺旋结构数量最多。
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