| 晋南牛遗传结构特征及选择信号分析 |
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| 引用本文： | 戎艳花,贾雪纯,李鹏飞,田国富,朱芷葳.晋南牛遗传结构特征及选择信号分析[J].中国畜牧兽医,2024(1):160-171. |
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| 作者姓名： | 戎艳花 贾雪纯 李鹏飞 田国富 朱芷葳 |
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| 作者单位： | 1. 山西农业大学生命科学学院;2. 运城市畜牧兽医发展中心 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金面上项目(31873002)；;山西省应用基础研究计划面上项目(20210302123380)； |
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| 摘 要： | 【目的】阐明晋南牛的遗传结构特征，通过选择信号检测挖掘与晋南牛经济性状相关的候选基因，探究其在进化过程中的受选择情况。【方法】对晋南牛和红安格斯牛全基因组测序数据进行分析，鉴定2个群体的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)标记，分析其在基因组的位置及其结构特征，基于SNP信息进行主成分分析(PCA)、构建状态同源矩阵(IBS);采用群体遗传分化指数(Fst)和核苷酸多样性比值(θπ)方法联合筛选晋南牛基因组受到强烈选择的区域，并对筛选到的受选择基因进行数量性状基因座(QTL)定位、GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】晋南牛群体SNPs位点主要分布于基因间区域，其次位于内含子区域。PCA和IBS分析结果表明，晋南牛和红安格斯牛2个群体间不存在杂交现象，且晋南牛群体中个体间遗传距离较远。通过Fst和θπ联合分析共筛选到188个潜在受选择区域。QTL分析结果表明晋南牛的选择信号多与生长、肉质及抗病性状相关。GO功能和KEGG通路富集分析显示，筛选到晋南牛强受选择的与经济性状相关的候选基因11个...
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| 关 键 词： | 全基因组重测序 晋南牛 红安格斯牛 遗传距离 选择信号 |
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