| 马铃薯α-淀粉酶基因的克隆及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 王玉丽,王永刚,马建忠,王倩,陶鹏飞,苏移.马铃薯α-淀粉酶基因的克隆及生物信息学分析[J].广西农业生物科学,2010(6):1019-1025. |
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| 作者姓名： | 王玉丽 王永刚 马建忠 王倩 陶鹏飞 苏移 |
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| 作者单位： | 兰州理工大学生命科学与工程学院,兰州730050 |
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| 基金项目： | supported by grants from the Technical Bureau Gansu（No.07-02-44）; the Degree Courses on Building Lan Zhou University of Technology（No.2010-11） We wish to thank Ma X.Q. for her help with pro- viding the tissue culture potato. We also thank anonymous reviewers and the receiving editor for their comments on the revision of this article. This research was supported by grants No. 07-02-44 from the Technical Bureau, Gansu. Wang Y.L and Ma J.Z also would like to acknowledge the support of grants No. 2010-11 （Degree courses on building） from the Lan Zhou University of Technology. |
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| 摘 要： | 本研究利用RT-PCR从马铃薯（Solanum tuberosum）茎段总RNA中扩增、克隆了一cDNA分子。该cDNA分子含有一长为1224bp的开放读框,可编码一含407个氨基酸残基的多肽、理论分子量为46.40kD、可能为亲水性的胞外酶。因其氨基酸序列同源于α-淀粉酶,故将该基因命名为amyA1（NCBI收录号：GQ406048.1）。采用半定量RT-PCR方法检测了amyA1基因在马铃薯茎、叶等不同组织中的表达强度,表明在茎组织中的表达丰度略高。利用生物信息学软件分析了amyA1密码子的偏好性,以期为选择适宜的表达系统提供依据;同时对amyA1的理化性质、细胞内定位、保守结构及高级结构进行了预测。基于NCBI数据库中有物种代表性的29种α-淀粉酶基因序列构建了基因进化树。与NCBI收录的马铃薯α-淀粉酶基因（NCBI收录号：M79328.1）的核苷酸及氨基酸序列同源性达98%。第20至第348范围内的氨基酸残基含有与淀粉酶13家族及亚家族相似的催化活性域（PF00128、SM00624）,第349至第407范围内的氨基酸残基含有α-淀粉酶C-末端β折叠区域（PF07821）。蛋白质结构预测表明氨基酸残基序列有维持淀粉酶活性的（β/α）8桶状结构以及其它几个功能域结构。所构建的基因进化树表明,2个马铃薯α-淀粉酶基因与木薯、苹果的序列同源性较高,与菜豆的次之,与水稻、大麦和玉米等单子叶植物的序列同源性较低。
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| 关 键 词： | 马铃薯 α-淀粉酶基因 克隆 生物信息学 |
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