| 基于银鲳RNA－seq数据中SR标记的信息分析 |
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| 引用本文： | 刘磊,彭士明,高权新,张晨捷,施兆鸿.基于银鲳RNA－seq数据中SR标记的信息分析[J].安徽农业科学,2016(28):102-105. |
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| 作者姓名： | 刘磊 彭士明 高权新 张晨捷 施兆鸿 |
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| 作者单位： | 1. 中国水产科学研究院东海水产研究所，农业部东海与远洋渔业资源开发利用重点实验室，上海200090; 上海海洋大学水产与生命学院，上海201306;2. 中国水产科学研究院东海水产研究所，农业部东海与远洋渔业资源开发利用重点实验室，上海200090 |
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| 基金项目： | 中央级公益性科研院所基本科研业务费项目(东2014Z02－3)；国家科技支撑项目(2011BAD13B01)。 |
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| 摘 要： | 目的]开发银鲳分子标记技术。方法]通过对银鲳（Pampus argenteus）进行高通量转录组测序（RNA－seq ）获得银鲳转录组原始试验数据，经过拼接后，获得3715603条unigene序列。采用生物信息学分析软件MISA对所有unigene进行简单重复序列（ simple se-quence repeat，SSR）位点鉴定。同时，利用软件对银鲳转录组SSR的多态性进行评价。结果]银鲳转录组水平上，共鉴定出107007个SSR位点，分布在97289条unigene中，发生频率为2．62％，SSR平均密度为476个／Mbp。在银鲳转录组SSRs中，单核苷酸与二核苷酸重复序列为主要重复类型，分别占总SSRs的48．14％和34．10％。银鲳转录组数据中SSR序列共包括424种重复基元类型，单核苷酸重复基元A占较高比例，占同一重复类型SSRs的49．57％，二核苷酸重复基元TG／AC和三核苷酸重复基元GAG／AAC是优势重复基元，分别占同一重复类型SSRs的42．43％和9．61％。重复序列长度在12 bp以上的SSR标记位点数占总SSR的76．95％，具有丰富的多态性。结论]银鲳SSRs位点具有极大的可开发性，可为银鲳遗传多样性研究、遗传图谱构建及分子辅助育种提供有效工具。
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| 关 键 词： | 银鲳 转录组测序 SSR标记 |
Bioinformatic Analysis of SSR Markers Based on RNA-seq of Pampus argenteus |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Pampus argenteus RNA-seq SSR marker |
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