| 正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库部分EST序列的电子克隆及验证 |
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| 引用本文： | 李晓宁,苏丽娟,尹,珊,李晓泉,章,民,李延生,孙石开,蔡新斌,杨,坚,罗廷荣.正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库部分EST序列的电子克隆及验证[J].南方农业学报,2012,42(9):1136-1143. |
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| 作者姓名： | 李晓宁 苏丽娟 尹 珊 李晓泉 章 民 李延生 孙石开 蔡新斌 杨 坚 罗廷荣 |
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| 作者单位： | （广西大学动物科学技术学院 南宁 530005） |
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| 基金项目： | 国家“863”计划项目（2007AA10Z160）；国家自然科学基金项目（31060336）；广西科学研究与技术开发计划项目（桂科攻0480001）；广西大学科学技术研究重点基金项目（2003ZD01） |
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| 摘 要： | 【目的】探讨从EST序列电子克隆全长基因序列的有效性，为今后快速克隆和研究免疫相关基因提供新方法。【方法】以正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库测序所得的EST序列作为起始材料，应用生物信息库对文库中的部分EST序列进行电子克隆，并用RT-PCR验证其准确性。【结果】电子克隆正常猪外周血淋巴细胞cDNA文库序列，共获得20条片段重叠群（Contigs），经基因注释，证实其均得到了有效延伸，具有完整开放阅读框（ORF），其中已知的猪基因序列14条，猪新基因序列6条；从已知猪基因序列和未知猪新基因序列中各抽取1条感兴趣序列（EST contig110和EST contig133）进行全长cDNA预测，发现电子克隆所得序列EST contig110和EST contig133的预期扩增片段（ORF）与实际扩增片段（ORF）基本一致，核苷酸相似性在98.0%以上，氨基酸相似性在93.0%以上。而对EST contig133的ORF序列（猪的60S核糖体蛋白L18a亚基）进行基本特性及结构预测，发现ORF133蛋白为非分泌型蛋白，由6个折叠和6个螺旋结构组成，含有8个不同的磷酸化位点。【结论】从EST序列电子克隆全长基因是可行的，为今后快速克隆和研究免疫相关基因提供了参考。
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| 关 键 词： | 猪 外周血淋巴细胞 电子克隆 表达序列标签（EST） |
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