| 广东省牛流行热病毒分离株JM 2020的全基因组测序及进化分析 |
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| 引用本文： | 贾荣荣,汪祥斌,贾坤.广东省牛流行热病毒分离株JM 2020的全基因组测序及进化分析[J].华南农业大学学报,2023,44(3):382-390. |
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| 作者姓名： | 贾荣荣 汪祥斌 贾坤 |
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| 作者单位： | 华南农业大学 兽医学院/广东省宠物工程技术研究中心, 广东 广州 510642 |
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| 基金项目： | 广州市科技计划项目(202206010131) |
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| 摘 要： | 【目的】分析广东省牛流行热病毒(Bovine ephemeral fever virus,BEFV)分离株JM 2020与其他地区毒株的进化关系，阐明遗传进化与全基因组的特征，为中国乃至世界对牛流行热疾病的流行情况以及预防该疾病提供有用信息。【方法】根据从GenBank下载的BEFV毒株的全基因组序列信息，设计引物PCR扩增糖蛋白(Glycoprotein,G)基因；另设计10对引物用于扩增全基因组，送测序得到10个片段的基因序列，运用DNAStar软件中的EditSeq手动编辑和拼接获得全基因组序列。运用MEGA 6.0分别构建G基因和全基因组进化树进行进化分析。【结果】JM 2020毒株的G基因和全基因组与泰国毒株的核苷酸序列相似性均最高，分别为94.9%～99.3%和99.0%，进化分析表明JM 2020与2013—2017年泰国毒株处于同一小分支，而与JB76H、JT02L等国内毒株有一定进化距离。全基因组测序结果表明，JM 2020全基因组长度为14 902个核苷酸(nt)，包括50 nt的前导序列，1 296 nt的核蛋白(Nucleoprotein,N)基因，837 nt...
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| 关 键 词： | 牛流行热病毒 G基因 进化分析 全基因组序列分析 |
| 收稿时间： | 2022/4/17 0:00:00 |
Whole genome sequencing and evolutionary analysis of bovine ephemeral fever virus isolate JM 2020 in Guangdong Province |
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| JIA Rongrong,WANG Xiangbin,JIA Kun.Whole genome sequencing and evolutionary analysis of bovine ephemeral fever virus isolate JM 2020 in Guangdong Province[J].Journal of South China Agricultural University,2023,44(3):382-390. |
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| Authors: | JIA Rongrong WANG Xiangbin JIA Kun |
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| Institution: | College of Veterinary Medicine, South China Agricultural University/Guangdong Pet Engineering Technology Research Center, Guangzhou 510642, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Bovine ephemeral fever virus G gene Phylogenetic analysis Whole genome sequence analysis |
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