兔眼蓝莓‘园蓝’幼叶转录组生物信息学分析 |
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引用本文: | 武玉祥,文光琴,王芳,万合锋.兔眼蓝莓‘园蓝’幼叶转录组生物信息学分析[J].分子植物育种,2024(3):728-739. |
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作者姓名: | 武玉祥 文光琴 王芳 万合锋 |
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作者单位: | 贵州省生物研究所 |
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摘 要: | 为探索兔眼蓝莓品种‘园蓝’遗传信息,本研究利用高通量测序技术对贵州栽培的‘园蓝’幼叶转录组进行了测序和生物信息学分析。共获得约1.4 Gb的纯净数据,拼装了32 093条unigenes。GO数据库注释到的unigenes涉及生物学过程、细胞成分及分子功能相关的48种生理代谢功能;27 137条unigenes能被KOG数据库注释,涉及25条代谢通路;9 525条unigenes能被KEGG数据库成功注释,涉及5个功能大类、19个功能中类、128条代谢通路;25 418条unigenes可被NR数据库注释;18 309条unigenes可被SwissProt数据库注释。以上4个数据库共注释到25 447条unigenes,占全部unigenes的79.29%;被以上4个数据库均注释到的unigenes为8 846条,占全部unigenes的27.56%。同时,生物信息学分析还显示:全部unigenes中,有758条unigenes编码转录因子,涉及51个家族;2 085条unigenes编码抗性基因,涉及17个家族。共检测到4 827个SSR位点,其中二碱基重复的SSR位点达3 165...
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关 键 词: | 兔眼蓝莓 转录组 生物信息学 |
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