| 生菜bHLH转录因子家族的鉴定与生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 隋心意,赵小刚,毛欣,李亚灵,温祥珍.生菜bHLH转录因子家族的鉴定与生物信息学分析[J].中国农学通报,2023,39(3):104-110. |
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| 作者姓名： | 隋心意 赵小刚 毛欣 李亚灵 温祥珍 |
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| 作者单位： | 山西农业大学园艺学院，山西太谷 030801 |
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| 基金项目： | 科技部高端外国专家引进计划“日光温室轻简化无土栽培技术体系研发与集成示范”(G2021004010L) |
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| 摘 要： | 本研究旨在对生菜(Lactuca sativa L.)bHLH转录因子进行全基因组鉴定与系统分析，以期为生菜bHLH家族基因的生物学功能的研究提供理论基础。通过Pfam下载bHLH结构域的隐马氏模型，利用HMMER3.0和SMART鉴定生菜bHLH基因。使用ExPASy ProtParam tool、DNAMAN 5.0、ClustalX和MEGA 7.0等软件对bHLH的蛋白序列进行生物信息学分析。在生菜全基因组中共鉴定出135个bHLH转录因子，其编码蛋白的相对分子量为17843.82~75409.15 Da，理论等电点为0.63~9.51，其中有92个酸性蛋白，43个碱性蛋白。123个bHLH蛋白为不稳定蛋白，135个bHLH蛋白均为亲水性蛋白。各家族成员均含有N端碱性结构域和C端HLH结构域，其中N端可结合特定的DNA顺式元件，C端可维持bHLH蛋白二级结构的稳定。系统进化分析将生菜中135个bHLH蛋白分为10个亚家族。通过全基因组分析，共鉴定出135个生菜bHLH转录因子，为生菜bHLH家族基因的功能研究提供借鉴。
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| 关 键 词： | 生菜 bHLH 进化树分析 序列比对 全基因组鉴定 |
| 收稿时间： | 2022-03-30 |
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