| 黄瓜ERF基因家族鉴定及其在雌花芽分化中的表达分析 |
| |
| 引用本文： | 潘健,温海帆,何欢乐,连红莉,王刚,潘俊松,蔡润.黄瓜ERF基因家族鉴定及其在雌花芽分化中的表达分析[J].中国农业科学,2020,53(1):133-147. |
| |
| 作者姓名： | 潘健 温海帆 何欢乐 连红莉 王刚 潘俊松 蔡润 |
| |
| 作者单位： | 上海交通大学农业与生物学院,上海 200240 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金(31772308);国家自然科学基金(31272185);国家自然科学基金(31471879) |
| |
| 摘 要： | 【目的】通过以黄瓜9930_V2版本基因组为参照进行生物信息学分析,对ERF基因家族在基因组中的数量、结构以及表达特征进行分析,为研究ERF转录因子在黄瓜雌花分化与发育中的作用提供数据支持。【方法】根据已报道的拟南芥ERF,利用黄瓜基因组数据库中9930_V2版本基因组进行BLAST比对,通过MEGA、MEME、TBtools、ExPASy等工具进行生物信息学分析。采用qRT-PCR方法检测不同性型黄瓜材料、雌花发育初期不同阶段中ERF基因家族成员的表达水平。采用酵母单杂交方法验证家族成员与乙烯响应元件GCC-box的互作。【结果】从黄瓜材料9930基因组中鉴定得到138个ERF基因家族成员,共分为10个亚族,编码氨基酸长度介于126—745。按照基因家族成员在染色体上的位置分布,将其命名为CsERF1-CsERF138。多序列比对和motif分析结果表明,黄瓜ERF基因家族均具有AP2/ERF结构域,其中4个成员具有B3结构域。表达分析结果显示,在不同性型材料中共有19个ERF家族成员差异表达,其中9个在FFMMAA基因型中高表达,10个在ffMMAA基因型中高表达。通过雌花芽发育初期ERF家族成员的表达趋势分析,发现31个ERF随子房发育表达上调,30个表达下调。初步证明CsERF9和CsERF31具有结合GCC-box元件的功能。【结论】从黄瓜基因组中鉴定出138个ERF基因家族成员,均拥有1个或多个AP2/ERF结构域;其中部分成员在不同性型材料中差异表达,并可能参与雌花分化初期的基因表达调控;部分成员具有结合保守元件GCC-box调控下游基因表达的功能。
|
| 关 键 词： | 黄瓜 乙烯信号 雌花发育 ERF基因 性别决定 |
| 收稿时间： | 2019-05-28 |
Genome-Wide Identification of Cucumber ERF Gene Family and Expression Analysis in Female Bud Differentiation |
| |
| Jian PAN,HaiFan WEN,HuanLe HE,HongLi LIAN,Gang WANG,JunSong PAN,Run CAI.Genome-Wide Identification of Cucumber ERF Gene Family and Expression Analysis in Female Bud Differentiation[J].Scientia Agricultura Sinica,2020,53(1):133-147. |
| |
| Authors: | Jian PAN HaiFan WEN HuanLe HE HongLi LIAN Gang WANG JunSong PAN Run CAI |
| |
| Institution: | School of Agriculture and Biology, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai 200240 |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | cucumber ethylene signal female flower development ERF sex determination |
|
| 点击此处可从《中国农业科学》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《中国农业科学》下载免费的PDF全文 |
|
