| 基于RNA-seq数据的栽培种花生SSR位点鉴定和标记开发 |
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| 引用本文： | 徐志军,赵胜,徐磊,胡小文,安东升,刘洋.基于RNA-seq数据的栽培种花生SSR位点鉴定和标记开发[J].中国农业科学,2020,53(4):695-706. |
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| 作者姓名： | 徐志军 赵胜 徐磊 胡小文 安东升 刘洋 |
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| 作者单位： | 1 中国热带农业科学院湛江实验站/广东省旱作节水农业工程技术研发中心,广东湛江 5240132 中国农业科学院农业基因组研究所, 广东深圳 518120 |
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| 基金项目： | 中国热带农业科学院科技创新团队专项资金(1630102017002) |
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| 摘 要： | 【目的】鉴定花生RNA-seq数据中的SSR位点,明确转录组中SSR位点的分布和结构特点,开发与花生基因相关联的SSR标记,为花生重要功能基因的挖掘、等位变异研究和分子标记辅助育种奠定基础。【方法】根据栽培种花生全生育期中22种不同类型的组织RNA-Seq数据,使用MISA软件分析SSR位点分布及特征,采用Primer 3设计基因关联的SSR引物,并利用电子PCR软件对引物的质量进行检测,随机合成38对引物,进行多态性检测。【结果】从52 280条转录本中共鉴定19 143个SSR位点,分布于14 084条转录本,发生频率为26.94%。重复单元类型为单核苷酸—五核苷酸,以单核苷酸和三核苷酸为重复单元的SSR位点数最多,分别占位点总数的39.24%和38.40%。各重复单元优势基序类型分别为A/T、AG/CT、AAG/CTT、AAAG/CTTT和AACAC/GTGTT,占所在重复单元中的比例分别为97.62%、72.01%、30.96%、24.59%和16.67%。重复单元的重复次数为5—47次,单个SSR位点的长度的分布范围为10—47 bp,基序长度主要集中在10—14 bp;复合SSR位点的长度范围为21—249 bp,以31—40 bp为主。鉴定的SSR位点中共有13 477个SSR位点可以进行引物设计,其中5 020条转录本序列对应到特定的基因,共包含5 859个可进行引物设计的SSR位点,这些SSR位点在A基因组和B基因组共20条染色体上不均匀分布,其中B03染色体上SSR位点最多,为484个。对特定基因SSR引物进行电子PCR检测,在A.duranensis、A.ipaensis、A.hypogaea基因组中有效扩增位点分别为4 468、4 929和10 188个,有效引物数分别为3 968（67.74%）、4 232（72.25%）和5 174（88.33%）对,在A. hypogaea基因组中,SSR引物扩增位点主要以2个位点为主,其中,有1 477对引物单位点扩增。根据SSR引物扩增位点在栽培种花生基因组中的位置信息绘制了SSR位点的物理图谱。在38对SSR引物中,共有35对（92.1%）SSR引物可以扩增出清晰的条带,其中,有11对（28.9%）SSR引物在2个品种间扩增出差异条带。【结论】鉴定了13 477个可进行标记开发的SSR位点,开发、检测了5 859个基因相关SSR标记,在栽培种花生基因组中具有较高的扩增效率,并构建了基因相关SSR位点的物理图谱。
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| 关 键 词： | 花生 RNA-seq数据 SSR位点 基因关联SSR标记 物理图谱 |
| 收稿时间： | 2019-07-28 |
Discovery of Microsatellite Markers from RNA-seq Data in Cultivated Peanut (Arachis hypogaea) |
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| ZhiJun XU,Sheng ZHAO,Lei XU,XiaoWen HU,DongSheng AN,Yang LIU.Discovery of Microsatellite Markers from RNA-seq Data in Cultivated Peanut (Arachis hypogaea)[J].Scientia Agricultura Sinica,2020,53(4):695-706. |
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| Authors: | ZhiJun XU Sheng ZHAO Lei XU XiaoWen HU DongSheng AN Yang LIU |
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| Institution: | 1 Zhanjiang Experiment Station, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences/Guangdong Engineering Technology Research Center for Dryland Water-saving Agriculture, Zhanjiang 524013, Guangdong2 Shenzhen Agricultural Genome Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Shenzhen 518120, Guangdong |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | peanut RNA-seq data SSR loci gene-associated SSR markers physical map |
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