| 乌蒙凤鸡FGF23基因多态位点筛查与生物信息学分析 |
| |
| 引用本文： | 田琴,周怡,张明华,周碧君,程振涛,王开功,文明.乌蒙凤鸡FGF23基因多态位点筛查与生物信息学分析[J].中国畜牧兽医,2020,47(7):2113-2121. |
| |
| 作者姓名： | 田琴 周怡 张明华 周碧君 程振涛 王开功 文明 |
| |
| 作者单位： | 1. 贵州大学动物科学学院, 贵阳 550025;2. 贵州省动物疫病研究室, 贵阳 550025;3. 贵州大学动物疫病研究所, 贵阳 550025 |
| |
| 基金项目： | 贵州省百层次创新型人才项目（黔科合人才[2016]4009号）；贵州省科技平台及人才团队计划项目（黔科合平台人才[2018]5253号）；贵州省生态家禽产业技术体系功能实验室（黔农体系[2017]03号） |
| |
| 摘 要： | 研究旨在挖掘成纤维生长因子23（fibroblast growth factors，FGF23）基因的单核苷酸多态（SNP）位点，为进一步研究该基因遗传变异奠定基础。试验以乌蒙凤鸡为研究对象，采用PCR产物直接测序法对FGF23基因进行SNP位点筛查，并进行遗传特性、连锁不平衡、单倍型、双倍型和生物信息学分析。结果显示，仅在乌蒙凤鸡FGF23基因启动子区域检测到3个中度多态的SNPs位点，分别为：g.73424341 C>A、g.73424417 A>G和g.73424701 T>A，每个SNP位点均产生3种基因型。χ2检验结果发现，仅g.73424417 A>G突变位点的基因型分布极显著偏离Hardy-Weinberg平衡（P<0.01）。连锁不平衡、单倍型和双倍型分析结果显示，3个SNPs位点中仅g.73424417 A>G和g.73424701 T>A位点间存在强连锁不平衡，共发现4种单倍型和8种双倍型，双倍型H1H2频率最高，其次为H3H4，频率最低的为H2H2。生物信息学分析发现，FGF23基因的核心启动子区域很可能在-400~-300 bp处，本研究发现的3个SNPs位点不在核心启动子区；突变前g.73423055~g.73425055区域总转录因子数为293个，突变后为300个。g.73424341 C>A位点突变前后转录因子不变，均为ICSBP；g.73424417 A>G位点突变使转录因子由GR转变为C/EBPalp；g.73424701 T>A位点突变前后均没有转录因子。推测SNP位点对调控启动子功能元件可能存在重要影响。
|
| 关 键 词： | 乌蒙凤鸡 FGF23基因 多态位点 生物信息学 |
| 收稿时间： | 2020-01-10 |
Polymorphism Screening and Bioinformatics Analysis of FGF23 Gene in Wumeng Crested Chickens |
| |
| TIAN Qin,ZHOU Yi,ZHANG Minghua,ZHOU Bijun,CHENG Zhentao,WANG Kaigong,WEN Ming.Polymorphism Screening and Bioinformatics Analysis of FGF23 Gene in Wumeng Crested Chickens[J].China Animal Husbandry & Veterinary Medicine,2020,47(7):2113-2121. |
| |
| Authors: | TIAN Qin ZHOU Yi ZHANG Minghua ZHOU Bijun CHENG Zhentao WANG Kaigong WEN Ming |
| |
| Institution: | 1. College of Animal Science, Guizhou University, Guiyang 550025, China;2. Guizhou Animal Disease Research Laboratory, Guiyang 550025, China;3. Institute of Animal Diseases, Guizhou University, Guiyang 550025, China |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | Wumeng Crested chickens FGF23 gene polymorphic loci bioinformatics |
|
| 点击此处可从《中国畜牧兽医》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《中国畜牧兽医》下载免费的PDF全文 |
|
