| 基于RNA-Seq筛选高粱低氮胁迫相关候选基因 |
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| 引用本文： | 王瑞,张福耀,詹鹏杰,楚建强,晋敏姗,赵威军,程庆军.基于RNA-Seq筛选高粱低氮胁迫相关候选基因[J].作物学报,2024(3):669-685. |
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| 作者姓名： | 王瑞 张福耀 詹鹏杰 楚建强 晋敏姗 赵威军 程庆军 |
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| 作者单位： | 1. 山西农业大学高粱研究所/高粱遗传与种质创新山西省重点实验室;2. 西北农林科技大学农学院 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(32272164)；;山西省回国留学人员科研资助项目(2020-161)； |
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| 摘 要： | 研究低氮胁迫条件下不同高粱材料间的基因差异表达,为耐低氮型高粱品种选育和耐低氮胁迫的分子机制探究提供参考。选取2个耐低氮型高粱(BSX44和BTx378)为试验材料,设置正常和低氮胁迫2个处理,利用RNA-Seq技术对高粱苗期、抽穗期和开花期的基因表达进行分析,通过生物信息学对差异基因的生物学功能和代谢途径进行研究,筛选可能参与低氮调控的基因,了解氮高效基因型在氮素吸收利用过程中可能的分子途径。结果表明,在正常和低氮胁迫下, BTx378和BSX44在苗期分别筛选出937个和787个差异表达基因,抽穗期分别筛选出1305个和935个差异表达基因,开花期分别筛选出1402个和963个差异表达基因。对3个时期的差异表达基因进行鉴定,发现在苗期、抽穗期和开花期分别有246、371和306个基因在2个耐低氮高粱品种中共同差异表达,有28个基因在2个耐低氮品种的不同生育时期均差异表达,其中有5个基因上调表达,23个基因下调表达;对共同差异表达基因的KEGG相关代谢通路富集分析,发现主要集中在氮代谢、丙氨酸,天冬氨酸和谷氨酸代谢、甘油磷脂代谢、氨基酸的生物合成等途径,表明耐低氮型高粱可能通过这些途...
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| 关 键 词： | 高粱 转录组测序 低氮胁迫 差异表达基因(DEGs) |
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