| 青篱柴转录组数据SSR位点的生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 黄建敏,李菲,刘云静,李彦勋,汤晓辛.青篱柴转录组数据SSR位点的生物信息学分析[J].江苏农业科学,2019,47(2). |
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| 作者姓名： | 黄建敏 李菲 刘云静 李彦勋 汤晓辛 |
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| 作者单位： | 贵州师范大学生命科学学院,贵州贵阳550001;贵州省植物生理与发育调控重点实验室,贵州贵阳550001;贵州师范大学生命科学学院,贵州贵阳,550001 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金;国家自然科学基金 |
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| 摘 要： | 为探讨青篱柴转录组中简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)位点信息,开发青篱柴分子标记技术,采用高通量测序技术获得青篱柴转录组原始试验数据,经过生物信息学软件Trinity拼接后,获得66 755条单基因簇(universal gene,简称unigene)。进一步采用生物信息学分析软件MISA对所有的unigene进行SSR位点数据挖掘。共计搜索出22 542个SSR位点,分布在18 972条unigene中,出现频率为33. 77%,发生频率为28. 42%,SSR平均长度为15 bp,平均分布频率是1/3. 98 kb,在青篱柴转录组的SSR中,单核苷酸、三核苷酸和二核苷酸重复序列为主要重复类型,分别占总SSR的47. 59%、27. 95%、23. 45%。青篱柴转录组数据中SSR序列共包括161种重复基元类型。其中出现频率高的基序主要有A/T、AG/CT、AAG/CTT、AT/AT、C/G、AGG/CTT。重复序列长度在10～144 bp之间,大多小于24 bp,大于24 bp的仅有0. 22%(48个SSR位点)。另外,设计筛选得到15 425对SSR引物。综上表明青篱柴SSR位点多态性潜能较高,具有很大的可开发性。
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| 关 键 词： | 青篱柴 转录组 SSR 重复类型 重复基元 |
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