| 藏药细果角茴香转录组SSR分布特征分析 |
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| 作者单位： | 中国科学院西北高原生物研究所,中国科学院藏药研究重点实验室,西宁,810008;中国科学院大学,北京,100049;中国科学院西北高原生物研究所,中国科学院藏药研究重点实验室,西宁,810008 |
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| 基金项目： | 青海省应用基础研究项目;中国科学院“西部之光”人才培养引进计划 |
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| 摘 要： | 为探究藏药细果角茴香转录组中简单重复序列位点信息,本研究利用Illumina HiSeq~(TM) 2500高通量测序平台,RNA-Seq测序技术对藏药细果角茴香植株进行测序,并采用生物信息学MISA数据分析进行拼接后查找SSR位点。细果角茴香转录组测序共获得27 979个重复单元长度为2～6个碱基的微卫星重复序列,总的SSR碱基数为142 108 085 bp,平均每3.1 kb出现1个SSR位点。细果角茴香SSR中主要重复单元类型为三碱基,占SSR总数的68.34%,在统计的213种重复类型中(AAG/CTT)_n所占比例最高为(7 773,27.78%),其次是(AG/CT)_n(4 735, 16.92%)和(ATC/ATG)_n(2 420, 8.65%),藏药细果角茴香转录组中SSR位点分布频率较高,重复单元类型丰富。研究首次基于细果角茴香转录组高通量测序数据开发了SSR分子标记,为细果角茴香遗传连锁图谱、DNA指纹图谱、遗传多样性评价、种植资源收集与鉴定和分子标记辅助育种等工作提供了科学基础。
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| 关 键 词： | 细果角茴香 RNA-Seq技术 转录组 SSR标记 生物信息 |
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