| 芋淀粉合成酶基因家族的鉴定、生物信息学及表达分析 |
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| 引用本文： | 何芳练,刘莉莉,邱祖杨,董伟清.芋淀粉合成酶基因家族的鉴定、生物信息学及表达分析[J].西南农业学报,2024(1):1-13. |
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| 作者姓名： | 何芳练 刘莉莉 邱祖杨 董伟清 |
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| 作者单位： | 1. 广西壮族自治区农业科学院蔬菜研究所;2. 荔浦市农业农村局 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(32260762)；;广西自然科学基金项目(2021GXNSFBA196012)； |
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| 摘 要： | 【目的】鉴定芋淀粉合成酶(CeSS)基因家族，并对其生物信息学及表达模式进行分析，为芋产量、品质和营养性状的遗传改良提供参考。【方法】使用HMMER 3.12b软件以SS基因家族典型保守结构域Glyco＿transf＿5为模型，鉴定芋基因组中SS基因家族信息，利用生物信息学软件分析其分子结构特征、系统发育关系及顺式作用元件，采用转录组和实时荧光定量PCR技术检测其在正常生长发育条件和干旱胁迫下的转录表达。【结果】在芋基因组中鉴定了6个SS基因(CeSS1、CeSS2、CeSS3-1、CeSS3-2、CeSS4和CeGBSS1)。6个预测的芋SS基因长度为4980～61 347 bp,对应的CDS长度为1275～2895 bp,编码蛋白的氨基酸残基数量为424～964个，分子质量为48 067.43～109 391.75 Da,理论等电点为5.18～6.11。系统进化分析显示6个芋SS蛋白分布在5个亚家族。基因结构分析显示，6个CeSS基因外显子数量为7～15个。在6个CeSS蛋白中鉴定出10个保守motif,其中7个获得注释。在保守结构域上，CeSS1、CeSS2、CeSS4和CeGB...
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| 关 键 词： | 芋 淀粉合成酶 生物信息学分析 表达分析 |
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