| 基于病毒宏基因组技术侦测牡蛎体内病毒 |
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| 引用本文： | 黄晟,姜敬哲,王江勇,许新.基于病毒宏基因组技术侦测牡蛎体内病毒[J].南方水产科学,2017(5):39-46. |
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| 作者姓名： | 黄晟 姜敬哲 王江勇 许新 |
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| 作者单位： | 1. 中国水产科学研究院南海水产研究所,广东省渔业生态环境重点实验室,农业部南海渔业资源开发利用重点实验室,广东广州510300;上海海洋大学水产与生命学院,上海201306;2. 中国水产科学研究院南海水产研究所,广东省渔业生态环境重点实验室,农业部南海渔业资源开发利用重点实验室,广东广州510300;3. 广州市从化区农业局,广东广州,510905 |
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| 基金项目： | 中国水产科学研究院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金资助(2016RC-LX05)，国家自然科学基金项目(41206118)，广东特支计划(00-201620641)，广东省海洋和渔业发展专项资金(鱼病防治)(粤农财[2017]43号) |
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| 摘 要： | 建立了牡蛎(Crassostrea spp.)病毒宏基因组研究方法,应用差速离心和蔗糖垫超速离心提取病毒样颗粒,核酸酶处理宿主游离核酸后提取病毒总核酸,经反转录、双链合成和核酸扩增获得足量DNA。高通量测序共获得1 661 809 000个碱基,包括6 647 236个读长(reads)信息,拼接后得到50 842个重叠群(contig),序列总长度达到14 239 389 bp。同时从reads质控图等多方面对测序数据进行分析与评估,显示测序数据质量良好。数据与病毒库进行比对,发现病毒序列来自于小核糖核酸病毒科(Picornaviridae)和疱疹病毒科(Herpesviridae)2个科,类单纯疱疹病毒(Simplexvirus)、心病毒(Cardiovirus)和肠道病毒(Enterovirus)3个病毒属。
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| 关 键 词： | 牡蛎 病毒宏基因组 高通量测序 |
Viral detection from oyster tissue using viral metagenomics technology |
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| HUANG Sheng,JIANG Jingzhe,WANG Jiangyong,XU Xin.Viral detection from oyster tissue using viral metagenomics technology[J].South China Fisheries Science,2017(5):39-46. |
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| Authors: | HUANG Sheng JIANG Jingzhe WANG Jiangyong XU Xin |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | oyster metagenome high-throughput sequencing |
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