| 日本沼虾EST-SNP的筛选及多态性检测 |
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| 引用本文： | 李喜莲,杨元杰,李飞,顾志敏,郭建林,张宇飞,贾永义,黄鲜明.日本沼虾EST-SNP的筛选及多态性检测[J].东北农业大学学报,2016(2):67-73. |
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| 作者姓名： | 李喜莲 杨元杰 李飞 顾志敏 郭建林 张宇飞 贾永义 黄鲜明 |
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| 作者单位： | 农业部淡水渔业健康养殖重点实验室,浙江省淡水水产遗传育种重点实验室,浙江省淡水水产研究所,浙江湖州313001 |
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| 基金项目： | 浙江省重大科技专项重大农业项目(2012C12907)，浙江省公益技术研究农业项目(2014C32066)，浙江省省属科研院所扶持专项计划项目(2014F10037)，浙江省条件建设项目(2013F10047)，浙江省淡水水产研究所项目(ZJS2014-3) |
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| 摘 要： | 利用EST数据库开发SNP是筛选SNP标记的重要途径。本研究利用日本沼虾现有EST数据开发SNP标记—从NCBI获得8 458条EST序列;Seqclean软件去除序列中的载体、引物和接头等污染序列,得到8 453条EST序列;利用Quality SNP软件对预处理后序列中含有4条以上同源序列重叠群进行分析,在含有4条以上同源序列的1 055个重叠群中,筛选得到可靠SNP(Reliable SNPs)位点705个,较可信SNPs(High confidence SNPs)905个,潜在SNPs(Potential SNPs)1 144个。根据候选SNP位点设计28对引物,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,基因分型验证44个太湖个体,13对引物具有二等位基因多态性,观测杂合度和期望杂合度范围分别为0.259~0.745和0.255~0.728。结果表明,EST数据库中存在大量SNP位点,筛选的SNP标记可用于日本沼虾遗传学分析。
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| 关 键 词： | 日本沼虾 单核苷酸多态性(SNP) 表达序列标签(EST) |
Development of single nucleotide polymorphism markers for Macrobrachium nipponensis using expressed sequence tags |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Macrobrachium nipponensis single nucleotide polymorphism(SNP) expressed sequence tags(EST) |
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