| 基于采后转录组的香菇密码子偏好性分析 |
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| 引用本文： | 邓 冰,贾鸥阳,杨雨娴,孟俊龙,常明昌,刘靖宇.基于采后转录组的香菇密码子偏好性分析[J].保鲜与加工,2022,22(8):8-15. |
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| 作者姓名： | 邓 冰 贾鸥阳 杨雨娴 孟俊龙 常明昌 刘靖宇 |
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| 作者单位： | 1. 山西农业大学食品科学与工程学院，山西 晋中 030801；2. 山西省食用菌工程技术研究中心，山西 晋中 030801；3. 黄土高原食用菌山西省重点实验室，山西 晋中 030801 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金（32102053）；山西省应用基础研究计划面上青年基金（201901D211380）；山西农业大学博士启动基金（2020BQ13）；农业农村部农产品贮藏保鲜重点实验室开放基金（Kf2022005） |
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| 摘 要： | 以香菇基因组数据为基础，对其细胞核基因组的密码子偏好性及偏好性形成因素进行分析。香菇细胞核编码基因的GC含量为48.66%，同义密码子第3位中碱基T（T3s）的出现频率最高（36.07%），同时高表达基因的GC、GC3以及GC3s含量均显著高于基因组水平；相关性分析结果显示基因表达与序列C3s含量、GC3、GC3s、GC含量、C含量以及CAI呈显著正相关；香菇基因组编码序列中共29个高频密码子，结合转录组筛选高表达和低表达基因的基础上鉴定出16个最优密码子；偏好性形成影响因素分析表明，香菇基因组密码子偏好性形成受中性突变和选择压力影响。本研究可以为采后香菇关键基因功能解析，开展香菇采后品质劣变机制研究提供参考。
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| 关 键 词： | 香菇 细胞核基因组 密码子偏好性 影响因素 最优密码子 |
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