| 采用单碱基延伸法检测家蚕单核苷酸多态性位点 |
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| 引用本文： | 赵云坡,张浩,杨晓楠,詹帅,黄勇平,苗雪霞.采用单碱基延伸法检测家蚕单核苷酸多态性位点[J].蚕业科学,2009,35(3). |
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| 作者姓名： | 赵云坡 张浩 杨晓楠 詹帅 黄勇平 苗雪霞 |
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| 作者单位： | 中国科学院上海植物生理生态研究所,上海,200032 |
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| 基金项目： | 国家重点基础研究发展计划"973"项目 |
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| 摘 要： | 单核苷酸多态性(SNP)分型可以作为丰富的分子标记用于家蚕群体遗传学、基因组注释以及功能基因研究。利用SNaPshot试剂盒的SNP分型方法,对以单碱基延伸法检测家蚕SNP位点进行了探索。首先对SNP位点进行PCR扩增,然后以PCR产物为模板,以4种荧光标记ddNTPs为底物,采用延伸引物扩增SNP位点处的一个碱基,最后用377测序仪进行基因分型。通过对家蚕2个SNP位点的分析结果表明,利用单碱基延伸法可以准确地检测SNP位点,并且可以知道该位点的碱基。由于单碱基延伸法可以通过多重PCR在1个反应体系检测多至10个位点,因此该方法不仅方便快捷,并且可以实现高通量检测SNP位点。
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| 关 键 词： | 单碱基延伸 单核苷酸多态性 基因分型 家蚕 |
Single Base Extension Based SNP Genotyping in Silkworm,Bombyx mori |
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| ZHAO Yun-Po,ZHANG Hao,YANG Xiao-Nan,ZHAN Shuai,HUANG Yong-Ping,MIAO Xue-Xia.Single Base Extension Based SNP Genotyping in Silkworm,Bombyx mori[J].Acta Sericologica Sinica,2009,35(3). |
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| Authors: | ZHAO Yun-Po ZHANG Hao YANG Xiao-Nan ZHAN Shuai HUANG Yong-Ping MIAO Xue-Xia |
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| Institution: | ZHAO Yun-Po ZHANG Hao YANG Xiao-Nan ZHAN Shuai HUANG Yong-Ping MIAO Xue-Xia* (Institute of Plant Physiology , Ecology,Shanghai Institutes for Biological Sciences,Chinese Academy of Sciences,Shanghai 200032,China) |
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| Abstract: | SNP genotyping plays an important role in population genetics,genome annotation and functional gene study in silkworm,Bombyx mori.The present study employed single base extension(SBE) method to explore SNP(single nucleotide polymorphism) genotyping in the silkworm Bombyx mori by using the SNaPshot kit.SNP locus was amplified at first,and then the PCR product was used as template to amplify the SNP locus by a specific extension primer that locates at the upstream of the SNP site.Only one nucleic acid,which i... |
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| Keywords: | Single base extension Single nucleotide polymorphism Genotyping Bombyx mori |
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