| 基于SNP 芯片分析的蓝塘猪遗传群体结构 |
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| 引用本文： | 王 晨,马 宁,郭春和,袁仁强,曾检华,宋德清,张惠文,陈瑶生,刘小红.基于SNP 芯片分析的蓝塘猪遗传群体结构[J].广东农业科学,2018,45(6):110-115. |
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| 作者姓名： | 王 晨 马 宁 郭春和 袁仁强 曾检华 宋德清 张惠文 陈瑶生 刘小红 |
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| 作者单位： | 中山大学生命科学学院/有害生物控制与资源利用国家重点实验室;紫金东瑞农牧发展有限公司;广东壹号食品股份有限公司 |
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| 基金项目： | 国家科技基础性工作专项（2014FY120800）；广东省扬帆计划项目（2014YT02H042）；广东省生猪产
业创新团队建设项目（2017LM1137）；广东省科技计划项目（2014B020202001） |
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| 摘 要： | 为了保护和利用蓝塘猪种质资源,采用Illumina CAUPorince 50K SNP芯片对139头蓝塘猪进行遗传群体结构分析。结果显示,SNP芯片基因型分型的平均检出率高达98.24%,表明该芯片适合应用于中国地方猪。蓝塘猪的平均遗传距离值为0.3326±0.0339,主成分分析和G矩阵结果表明部分种猪之间亲缘关系较近。139头蓝塘猪种猪可以分成5个家系,分别为家系A、B、C、D和E,其中家系A、B、C和D均有种公猪。蓝塘猪的Y染色体共有两种单倍型,其中家系A和B属于单倍型A,家系C和D属于单倍型B。在蓝塘猪中共检测到1 680个ROH片段,10~20 Mb长度的ROH数量最多、占44.52%,平均每个蓝塘猪的ROH数量为12.09(±5.90)个,平均总长度为246.90(±170.93)Mb。通过SNP芯片,从遗传水平反映了一个蓝塘猪种群的群体结构,为地方猪种的保种、开发与利用提供了有力工具。
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| 关 键 词： | 蓝塘猪 SNP 芯片 群体结构 ROH 近交 |
Population structure of Lantang pig evaluated using SNP chip |
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