| 基于转录组测序鉴定牛RFI表型差异相关circRNAs及其靶基因富集通路 |
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| 引用本文： | 王鹏飞,丁燕玲,杨朝云,马应,周小南,史远刚,康晓龙.基于转录组测序鉴定牛RFI表型差异相关circRNAs及其靶基因富集通路[J].东北农业大学学报,2021,52(11):34-43. |
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| 作者姓名： | 王鹏飞 丁燕玲 杨朝云 马应 周小南 史远刚 康晓龙 |
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| 作者单位： | 宁夏大学农学院,银川 750021 |
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| 摘 要： | 文章旨在探究circRNAs在牛剩余采食量(Residual feed intake,RFI)表型变异中潜在生物学作用.分别选取牛高、低RFI极端表型个体,分离下丘脑组织并提取总RNA,通过高通量测序筛选两组牛RFI相关差异表达circRNAs,并对差异circRNAs靶基因作功能富集分析.随机选取6个差异表达的circRNAs开展qRT-PCR验证.结果表明,circRNAs在外显子中占比最高,大部分circRNAs分布在100～500 nt.两组牛下丘脑组织中筛选出736个差异表达的circRNAs,其中低RFI组中上调表达421个,下调表达315个.GO及KEGG富集分析结果表明,靶基因主要富集于Ras GTPase结合、AMPK及mTOR等采食及能量代谢相关信号通路中.对差异circRNAs开展miRNA靶点预测,发现差异circRNAs与miR-103、miRNA-15a、miRNA-499和miR-33a/b等与食物摄入、能量代谢及脂肪沉积等相关miRNAs、mRNAs互作.qRT-PCR结果显示,随机选择的circRNAs组织表达模式与测序结果趋势一致.下丘脑组织差异表达circRNAs、其靶基因富集通路及circRNA-miRNA-mRNA互作可能在牛RFI表型差异调控中发挥重要生物学作用.
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| 关 键 词： | 牛 环状RNA 剩余采食量 饲料效率 AMPK信号通路 下丘脑 |
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