| 低温压力对ZF4细胞组蛋白修饰的影响 |
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| 引用本文： | 姜蓬垒,时应娣,侯艳雯,韩兵社,张俊芳.低温压力对ZF4细胞组蛋白修饰的影响[J].中国水产科学,2019,26(2):280-286. |
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| 作者姓名： | 姜蓬垒 时应娣 侯艳雯 韩兵社 张俊芳 |
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| 作者单位： | 1. 水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室, 上海海洋大学, 上海 201306;2. 水产科学国家级实验教学示范中心, 上海海洋大学, 上海 201306;3. 海洋生物科学国际联合研究中心, 中国科学技术部, 上海海洋大学, 上海 201306 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目（31372516,81770165）;上海市自然科学基金项目（13ZR1419500）;上海市教育委员会"东方学者"计划支持项目. |
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| 摘 要： | 为探索低温压力对斑马鱼细胞组蛋白修饰的影响,建立并优化使用斑马鱼(Danio rerio)成纤维细胞ZF4进行染色质免疫共沉淀(chromatin immunoprecipitation, ChIP)的条件。本研究分别优化了ChIP过程中裂解细胞所使用的NP-40浓度、超声破碎的时间,确定了最佳NP-40浓度为0.2%,超声时间为20 min。利用针对β-actin启动子区域的引物,通过常规PCR初步验证ChIP实验是否成功。琼脂糖凝胶电泳结果显示, IgG组常规PCR产物基本无条带,H3K27me3组条带较暗, H3K4me3和H3K27ac组有较亮条带,初步说明实验可靠。使用正常培养(28℃)与长期低温驯化(18℃, 30 d)的斑马鱼成纤维细胞ZF4作为实验材料,通过优化之后的ChIP技术进行实验。分别使用qPCR和ChIP-qPCR检测低温驯化对肿瘤坏死因子b(tumor necrosis factor b,tnfb)基因表达以及其启动子区域H3K4me3、H3K27ac、H3K27me3的影响。qPCR结果显示tnfb基因经过低温驯化后上调,而ChIP-qPCR结果显示,tnfb基因启动子区域的H3K4me3、H3K27ac富集度也出现升高, H3K27me3没有明显变化,提示低温压力可能通过影响tnfb基因启动子区域的H3K4me3、H3K27ac水平来调控tnfb基因的表达。本研究建立并优化的ChIP实验条件可以用来研究ZF4细胞组蛋白修饰变化,为下一步探索低温压力对斑马鱼细胞全基因组组蛋白修饰的影响奠定基础。
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| 关 键 词： | 染色质免疫共沉淀 低温 斑马鱼细胞 组蛋白修饰 |
| 修稿时间： | 2019/3/27 0:00:00 |
Effects of low-temperature stress on histone modification in ZF4 cells |
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| JIANG Penglei,SHI Yingdi,HOU Yanwen,HAN Bingshe,ZHANG Junfang.Effects of low-temperature stress on histone modification in ZF4 cells[J].Journal of Fishery Sciences of China,2019,26(2):280-286. |
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| Authors: | JIANG Penglei SHI Yingdi HOU Yanwen HAN Bingshe ZHANG Junfang |
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| Institution: | 1. Key Laboratory of Exploration and Utilization of Aquatic Genetic Resources, Ministry of Education;Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China;2. National Demonstration Center for Experimental Fisheries Science Education, Shanghai Ocean University, Shanghai 201306, China;3. International Research Center for Marine Biosciences at Shanghai Ocean University, Ministry of Science and Tech-nology, Shanghai 201306, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | chromatin immunoprecipitation low temperature zebrafish cell histone modification |
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