| sRNA伴侣蛋白Hfq敲除条件下沙门菌的转录组分析 |
| |
| 引用本文： | 李晨,王开功,周碧君,文明,刘丽娟,杨琦.sRNA伴侣蛋白Hfq敲除条件下沙门菌的转录组分析[J].中国兽医学报,2019(3):461-469. |
| |
| 作者姓名： | 李晨 王开功 周碧君 文明 刘丽娟 杨琦 |
| |
| 作者单位： | 1.贵州大学动物科学学院;2.贵州大学动物疫病研究所;3.贵州省动物疫病与兽医公共卫生重点实验室 |
| |
| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目(31760740;31602065);贵州省科学技术基金资助项目(黔科合基础[2016]1047) |
| |
| 摘 要： | 为探明沙门菌(Salmonella)在sRNA伴侣蛋白Hfq敲除条件下转录组变化情况。本试验采用HiSeq测序平台对沙门菌LT2菌株及其Hfq敲除株进行高通量测序,通过DESeq2差异分析方法筛选敲除sRNA伴侣蛋白Hfq条件下的差异表达基因,对其进行生物信息学GO功能显著性富集分析和Pathway显著性富集分析。结果显示,对照组和试验组分别得到12 753 534条、8 254 308条Clean Reads。通过DESeq2差异分析获得差异基因1 055个,其中表达上调基因516个,表达下调基因539个。GO功能显著性富集分析表明显著差异表达基因主要富集在钴胺素代谢过程、钴胺素生物合成过程、碳水化合物代谢过程等生物过程中。Pathway显著性富集分析表明显著差异表达基因富集到细菌趋化性、丙酸代谢和碳代谢等11个信号通路中。结果表明,本试验应用RNA-seq技术丰富了sRNA伴侣蛋白Hfq调控基因数量,筛选出20个受伴侣蛋白Hfq调控的显著差异表达基因,其中4个基因功能及编码蛋白未知,注释了差异表达基因的生物学功能及信号通路,推断Hfq在细菌对数期主要通过影响营养提供和趋化性等途径,继而影响细菌的正常生理活动,为Hfq协同sRNA的调控机理研究及sRNA靶基因的筛选奠定了基础。
|
| 关 键 词： | 沙门菌 sRNA伴侣蛋白Hfq 转录组测序 |
| 本文献已被 CNKI 维普 等数据库收录！ |
|
