| 花椰菜转录组SSR位点分析及其分子标记开发 |
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| 引用本文： | 林 珲,李永平,薛珠政,等.花椰菜转录组SSR位点分析及其分子标记开发[J].西北农林科技大学学报(社会科学版),2019,47(3):85-93. |
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| 作者姓名： | 林 珲 李永平 薛珠政 等 |
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| 作者单位： | 福建省农业科学院作物研究所;福建省农业科学院蔬菜研究中心;福建省蔬菜工程技术研究中心;广西农业科学院生物技术研...;内蒙古农业大学林学院;珍稀濒危动植物生态与环境...;新疆农业大学食品科学与药...;中国林业科学研究院热带林...;中国林业科学研究院经济林...;（宁夏农林科学院国家枸杞...;北京林业大学园林学院花卉...;北京林业大学园林学院城乡...;广西大学;广东省农业科学... |
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| 基金项目： | 福建省公益类科研院所基本科研专项（2018R1026-10,2017R1026-6）;福建省农业科学院蔬菜科技创新团队项目（STIT2017-1-2）;福建省农业科学院“青年科技英才百人计划”项目(YC2017-5) |
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| 摘 要： | 【目的】开发适合花椰菜的SSR分子标记,为花椰菜品种遗传关系鉴定、遗传图谱绘制等提供候选标记。【方法】以24份花椰菜材料为研究对象,通过MISA软件对其转录组SSR位点信息进行分析,设计SSR引物,对这些引物进行PCR扩增,开发高多态性花椰菜的SSR分子标记;利用差异条带对不同花椰菜材料的亲缘关系进行分析。【结果】从转录组数据中得到66 450条Unigene基因,包含10 715个SSR位点,发生频率为12.09%,平均分布距离为5.9kb。SSR位点中优势类型为二核苷酸重复基序,出现频率占总SSR的51.16%;其次是三核苷酸,占总SSR的47.37%。重复序列基序共49种,其中出现频率较高的重复基序主要为AG/CT、GA/TC和AAG/CTT。有1 164个长度≥20bp的SSR位点,获得具有潜在高多态性的SSR引物6 119对。随机设计的40对引物中有31对引物能进行有效扩增,其中有17对引物在24份花椰菜品种中表现出多态性。UPGMA分析显示,在遗传距离为0.625时,17对多态性引物可将24份花椰菜分为3类。【结论】开发的花椰菜SSR标记类型丰富,出现频率高,具有较高的可用性。
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| 关 键 词： | 花椰菜 简单重复序列 转录组 多态性 分子标记 基因位点分析 |
| 收稿时间： | 2018/1/3 0:00:00 |
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