| 无芒隐子草全基因组水平全长LTR反转录转座子鉴定及其中断基因分析 |
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| 引用本文： | 王艺蒙,马甜甜,欧阳子凤,张吉宇.无芒隐子草全基因组水平全长LTR反转录转座子鉴定及其中断基因分析[J].草业学报,2021,30(5):121-133. |
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| 作者姓名： | 王艺蒙 马甜甜 欧阳子凤 张吉宇 |
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| 作者单位： | 草地农业生态系统国家重点实验室，兰州大学草地农业科技学院，甘肃 兰州 730020 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金;甘肃省知识产权计划项目 |
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| 摘 要： | LTR反转录转座子是植物基因组内大量可移动的遗传因子，是基因组的重要成分之一。无芒隐子草基因组大小为543 M，全基因组中共鉴定出了299079个LTR反转录转座子，占全基因组的26.54%，但是缺少无芒隐子草全长LTR反转录转座子的研究。基于无芒隐子草全基因组序列，筛选出具有潜在活性的全长LTR反转录转座子845个，其中有410个属于Gypsy超家族，435个属于Copia超家族。对这些序列进行了系统进化树的构建和插入时间的分析，发现全长LTR反转录转座子的大量转座发生在4百万年内，插入时间较近，插入高峰期是1~1.5百万年间。筛选出被全长LTR反转录转座子中断的基因有183个，145个被中断的基因得到了GO功能注释，分析了被中断基因在不同干旱胁迫处理下的基因表达模式。对反转录转座子的鉴定有助于深入了解无芒隐子草的进化过程，为无芒隐子草全长LTR反转录转座子与中断基因的后续研究奠定基础。
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| 关 键 词： | 无芒隐子草 全长LTR-RTs 插入时间 中断基因 基因组 |
| 收稿时间： | 2020-05-13 |
| 修稿时间： | 2020-09-21 |
Genome-wide identification of full-length long-terminal repeat retrotransposons and identification of interrupted genes in Cleistogenes songorica |
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| WANG Yi-meng,MA Tian-tian,OUYANG Zi-feng,ZHANG Ji-yu.Genome-wide identification of full-length long-terminal repeat retrotransposons and identification of interrupted genes in Cleistogenes songorica[J].Acta Prataculturae Sinica,2021,30(5):121-133. |
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| Authors: | WANG Yi-meng MA Tian-tian OUYANG Zi-feng ZHANG Ji-yu |
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| Institution: | State Key Laboratory of Grassland Agro-ecosystems，College of Pastoral Agriculture Science and Technology，Lanzhou 730020，China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Cleistogenes songorica full length LTR retrotransposons insertion time interrupted genes genome |
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