| 基于转录组测序的花斑裸鲤SSR、SNP和InDel位点特征分析 |
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| 引用本文： | 贺彩霞,李长忠,金文杰,保长虹,简生龙,李昭楠,王丽楠,严青春,王振吉,王国杰,陈艳霞.基于转录组测序的花斑裸鲤SSR、SNP和InDel位点特征分析[J].大连海洋大学学报,2024(1):48-56. |
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| 作者姓名： | 贺彩霞 李长忠 金文杰 保长虹 简生龙 李昭楠 王丽楠 严青春 王振吉 王国杰 陈艳霞 |
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| 作者单位： | 1. 青海大学生态环境工程学院;2. 青海省渔业环境监测站 |
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| 摘 要： | 为利用分子标记规模化开发与辅助花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)良种选育，以花斑裸鲤(2+龄)的鳃、肾脏和肝脏组织为材料，经总RNA提取和cDNA文库构建后采用Illumina Novaseq 2000平台进行转录组测序，并采用MISA和GATK3软件分析转录组的SSR、SNP和插入缺失标记(InDel)位点特征。结果表明：在486 221条Unigenes序列中共发现了128 727个SSR,出现频率为26.47%,平均每3.76 kb出现1个SSR;花斑裸鲤SSR包括6个重复类型，以单碱基和二碱基重复基元类型为主，分别占总SSR位点数的46.53%和42.45%,重复基元类型共77种，其中，A/T和AC/GT两种基元的出现频率最高，是花斑裸鲤SSR的优势重复基元；所有重复次数中出现次数最多的为5～15次，占所有SSR位点的87.52%;通过GATK3软件搜索得到399 080个SNP位点，转换类型多于颠换类型，分别占总SNP的56.29%和43.71%,转换类型中A/G发生频率略高于C/T,而颠换类型中A/T发生频率最高，C/G发生频率最低；I...
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| 关 键 词： | 花斑裸鲤 转录组 分子标记 SSR SNP InDel |
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